Bonsoir, 

Apres avoir enraciné mon arbre, j'obtiens tout les composant de mon groupe d'étude d'un coté, sauf un, qui se positionne en plein mileu de mon groupe extérieure...

  +--0.203000BPAR3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobacterale                                 
  |                                                                                                           
  | +-------+ BPA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-E-value3e-164                                  
 ++ 0.158000                                                                                                  
 ||++ 0.596000BPAR2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobacterale                                
 ||||  |                                                                                                      
 |||+--+ 0.961000PAR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobacterale                              
 |++ 0.705000-+ 1.000000                                                                                      
 | |          | OMRGCv2-9699080-Traduction-1-1245-sens-indirect                                               
 | |                                                                                                          
 | +-----------+ BPARR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobacteral                             
 |                                                                                                            
=|    +---+ BPA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-E-value4e-170                                    
 |  +-+ 0.032000                                                                                              
 | ++ 0.854000PASSN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad                                 
 | ||                                                                                                         
 |+++0.509000PM1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                                     
 |||                                                                                                          
 ||+-----+ BPARRR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                                   
 ||                                                                                                           
 ++ 0.996000-+ BPARAR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                               
  |    |                                                                                                      
  |  +-++0.832000BPAA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Alphaproteobac                             
  |  | ++ 0.896000                                                                                            
  |  |  +--------+ BPASu1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonada                           
  +--+ 0.883000                                                                                               
     | +----------+ BPA3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-E-value5e-125                            
     | |                                                                                                      
     +-+ 0.904000--+ BPAHHH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Hyphomicrobi                         
       |  |                                                                                                   
       +--+ 1.000000           +---+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale         
          |                    |                                                                              
          +--------------------+ 0.954000---+ BPAR4-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobacterale
                               |   |                                                                          
                               +---++0.710000AA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera     
                                   ++                                                                         
                                    +------+ BPARRC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera 
                                                                                                              

De plus, dans mon tableau de classification taxonomique, je trouve plusieurs e-valeur 0.0 . C'est pour cela que j'ai choisis comme groupe d'etude les Rodhobacterales eten  groupe exterieure alphaproteobacteriales non rodhobacterales( j'obtiens un ordre d'au moins 6.. est ce assez correct ?  ... )

Pensez vous que je devrais plutot incure tout les proteobacteria dans mon groupe d'etude et en groupe exterieure  les Deinococcus ( (ainsi j'aurai un ordre d'au moins 27 ) 

Ou devrais changer de fragment ? 

Cordialement 

Tableau 4: Synthèse des classifications taxonomiques des protéines alignées par BLASTp contre NR (ou Refseq_protein)

Bonsoir Naomie,

Si tu prends les proteobacteria comme groupe d'étude (ce qui me semble être une option), ton groupe extérieur sera toutes les bactéria non proteobacteria, pas seulement Deinococcus. Le groupe extérieur n'est pas défini en fonction de son E-valeur, mais de la phylogénie des bactérie.

Je me demande pourquoi il y a des parties en français dans tes résultats, et ce que sont ces "ans" un peu partout...

Bonjour Naomie,

Ce n’est pas très grave de ne pas avoir une parfaite séparation entre le groupe d’étude et groupe extérieur. Proposez dans votre rapport une ou des hypothèses, qui peuvent expliquer ce mélange.

En ce qui concerne le choix de votre groupe d’étude : 6 ordres de grandeur n’est pas énorme entre le groupe d’étude et extérieur. MAIS en réalité le Evaleur 0.0 peut représenter une valeur bien plus petite que 1e-180. Regardez les scores de dans le rapport taxonomique. Les meilleurs hits ont des scores bien plus élevées que les autres. Ceci indique que l’Evaleur devrait être bien plus petite que 1e-180.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonsoir,

C'est entendu merci beaucoup pour vos conseils !