Bonjour,> > J' ai un problème pour le choix du groupe extérieur et d'étude ... > après Blast p vs Nr , j' ai de bon résultats pour les> g protéobactéries 350 à 280 / fermicutes 224 à 200 mais aussi pour les > spirochettes de 200 à 170.> Avec ça, de très bon hits avec les "ascomycetes" de 225 à 100 environ.> Je ne sais pas trop comment faire . Mon 1er reflexe est de prendre les > bactéries pour GE mais , il n' y a pas d'archae ou eucaryote pour > faire un groupe extérieur correct ... De plus je ne sais pas a quoi > correspond "ascomycetes" ....> > Il faudrait peut être prendre en GE les protéobactérie et fermicutes > puis spirochettes en Gext et négliger les résultats avec ascomycetes ??...> Mon login est _magorne_ et le mot de pass _lechat._> Je vous en remercie par avance,> > Macchi Magali

Bonjour,

Premier conseil, essayer d'analyser le taxonomy report en essayant de retrouver les groupes mentionnés dans le poly de phylogénie. Par exemple, que sont les ascomycota?

Deuxième conseil, si lorsque vous définissez votre groupe d'étude, vous n'avez pas de possibilité de définir un un groupe extérieur. Ex Protéine présent que dans le groupe X et aucun homologues présents d'autres groupes, alors vous allez devoir travailler sur avec des arbres non racinés. Ce n'est pas grave, c'est toujours mieux d'avoir un groupe extérieur pour lire l'arbre, mais si vous ne pouvez pas faire autrement...

Cordialement,

Céline Brochier

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