bonjour madame

lorsque je passe à l'étape de curation, j'ai seulement 68/622 positions conservées. et ce, meme en changeant les parametres.

pensez vous que cela est du a quoi?

 

Parameters used
Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 31
Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 51
Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8
Minimum Length Of A Block: 5
Allowed Gap Positions: With Half
Use Similarity Matrices: Yes

Flank positions of the 7 selected block(s)
Flanks: [289  293]  [321  336]  [349  357]  [389  393]  [396  404]  [407  417]  [592  604]  

New number of positions in input.fasta-gb:  68  (10% of the original 622 positions)

 

 

 

 

 

j'ai quand meme relancer un alignement en selectionnant moins de séqeunces, mais la maximum de positions conserves est de 94/820. ( il n'est pas affiché dans mes resultats brut)

 

Parameters used
Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 29
Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 47
Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8
Minimum Length Of A Block: 5
Allowed Gap Positions: With Half
Use Similarity Matrices: Yes

Flank positions of the 6 selected block(s)
Flanks: [545  549]  [554  558]  [567  577]  [706  736]  [749  780]  [793  802]  

New number of positions in input.fasta-gb:  94  (11% of the original 820 positions)

 

que dois je faire a ce stade?

 

 

merci d'avance

mlle assouline.

Bonjour Sterna,

 

Vous n’avez pas copié l'alignement dans annotathon, donc je ne peux pas être certaine, mais il est très probable que la qualité de votre alignement n’est pas très bonne. Vous avez probablement beaucoup de gaps, et des régions assez divergentes et difficiles à aligner.

Alternativement, il est possible que vous ayez ajouté une séquence non homologue dans le JDD.

Bon courage,
Emese Meglecz

 

Merci de votre réponse

je suis surprise et confuse de ne pas retrouve toutes mes annotations, pourtant je prends soin de toujours les enregistrer. J'ai perdue quasiment 3h de travail sur annotathon.

Savez vous s'il y'a un historique ou je puisse retrouver mon travail?

Merci 

aprés quelques recherches, jai retouvé mes annotations sous une version plus ancienne, du coup normalement vous y avez accés.

Bonjour Sterna,

 

En regardant votre alignement, il me semble qu’il y a deux types des séquences dans votre alignement. Cela pourait être une duplication. De plus, le niveau de similarité étant relativement faible entre des homologues, l’alignement est difficile et il y a donc un faible nombre de positions retenues far Gblocks.

Essayez à diminuer le nombre des séquences, et si possible, choisissez des séquences qui ont des gaps aux endroits similaires. Je crains que ça soit difficile.

Bon courage,
Emese Meglecz

 

bonsoir madame

tout d'abord merci de votre réponse

 

j'ai de mon coté selectionée de nouvelles séquences en modifiant le groupe d'étude et le groupe extérieure.

Concernant les postions conservées, j'en ai plus que 100

cependant quand j'avance rapidement les étapes et arrive a l'arbre, je ne trouve plus mes deux groupes d'étude.

 

je vous met le lien car je n'ai pas changé mes resultats brut de l'annotation.

http://annotathon.org/outils/nw_utils.php

 

groupe d'étude: flaviobacteriales

grp exterieur: flaviobacteriaa non flaviobacteriales

 

merci

mlle assouline

bonsoir madame

tout d'abord merci de votre réponse

 

j'ai de mon coté selectionée de nouvelles séquences en modifiant le groupe d'étude et le groupe extérieure.

Concernant les postions conservées, j'en ai plus que 100

cependant quand j'avance rapidement les étapes et arrive a l'arbre, je ne trouve plus mes deux groupes d'étude.

 

je vous met le lien car je n'ai pas changé mes resultats brut de l'annotation.

http://annotathon.org/outils/nw_utils.php

 

groupe d'étude: flaviobacteriales

grp exterieur: flaviobacteriaa non flaviobacteriales

 

merci

mlle assouline

Bonjour Sterna,

 

Dans la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia, on ne peut pas savoir, si les séquences proviennent de Flavobacteriales ou d’autres ordres de Flavobacteriia. Il est donc normal que les deux groupes ne se séparent pas. Malheureusement, vous n’avez pas de séquence qui pourra servir comme groupe extérieur si vous choisissez les Flavobacteriales comme groupe extérieur.

Bon courage,
Emese Meglecz