Sur un fragment, nous avons trouvé un ORF potentiel entier. Seuls deux logiciels donnent des résultats : Interpro trouve deux domaines transmembranaires, et CDD un domaine TRP mais nous n'avons aucun e-value avec ces deux logiciels. Les résultats du blastp ne montre qu'un résultat probant : un homologue avec une e-value de l'ordre de 10-6. Par curiosité (et nécessité ! ), nous avons testé les autres ORF potentiels sans résultats significatifs. Doit-on considérer qu'il s'agit de séquences codantes inconnues ? Comment expliquer les résultats différents fournis par Interpro et CDD ? Doit-on présenter l'analyse des trois ORF considérés dans les annotations ?

Merci !!!!

Sauf exception (notamment dans le cas de deux ORF largement chevauchantes), vous ne devez analyser que l'ORF le plus long de votre séquence d'ADN. Dans le cas d'ORF largement chevauchantes, analysez seulement celle qui présente des homologues, même si ce n'est pas la plus longue des deux ORF chevauchantes (si l'une a des homologues, l'autre dans un cadre différent n'aura pas d'homologues car elle est très certainement un faux positif).

Pour ce qui est de la conclusion sur votre ORF (ORFan ou pas), y-a-t-il un lien biologique, fonctionnel, entre les domaines transmembranaires, le domaine TRP, et les annotations de l'unique hit BLASTp à 10e-6? Si oui, alors vous avez peut-être une piste; si non, ces résultats ne sont pas très convaincants et peut-être des faux positifs...