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groupe extérieure |
lea19
5 Apr 2021 13:08
Contribution non évaluée |
bonjour,
j'ai choisit les balneolaeota appartenant aux groupe FCB : Bacteroidetes.
maintenant pour le groupe extérieure si je me réfère à l'abre il s'agirait des cytophagales.
Dans mon tableau je ne sais pas lequel choisir entre :
| Bacteria:Bacteroidetes |
4 |
40 |
1,00E-134 |
1,00E-19 |
| Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales |
264 |
747 |
2,00E-122 |
7,00E-15
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merci pour votre aide
léa
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AnaisE
6 Apr 2021 20:32
Contribution non évaluée |
Bonsoir Léa,
Juste une remarque après avoir jeté un oeil à ton tableau : n'oublie pas que plus l'E-valeur est faible, meilleure elle est. Une E-valeur de 0 est donc par définition la meilleure que tu puisses obtenir.
(BLAST affiche 0 si je me souviens bien dès qu'une E-valeur est inférieure à ~ E-180)
Bonne suite !
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Meglecz20CTES
7 Apr 2021 12:09
Maître de jeu |
Bonjour Léa et Anaïs,
Merci encore à Anaïs pour sa réponse tout à fait pertinente.
Le choix de Balneolaeota comme groupe d’étude n’est pas justifié.
Cordialement,
Emese Meglecz
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lea19
8 Apr 2021 21:38
Contribution non évaluée |
Bonsoir,
Merci pour vos deux réponses !
j'ai donc choisi comme groupe d'étude :
| Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales |
338 |
1004 |
0.0 |
8,00E-15 |
| |
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car e valeur est de 0,0
et pour le groupe éxterieur :
| Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia |
1 |
1 |
1,00E-32 |
1,00E-32 |
"
ma question est si mon groupe extérieur est bon ? car j'hésite sinon avec les "cytophogales/flavobacteria" car ils sont directement ratachés à la boucle des bactéroides .
de plus en ce qui concerne e valeur qui est égale à 0 je n'ai pas bien bien compris comment on recalcule pour avoir une bonne valeure ?
merci et bonne soirée
léa
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Meglecz20CTES
9 Apr 2021 11:10
Maître de jeu |
Bonjour Léa,
Le groupe d’étude ou groupe extérieur ne se limite pas à une seule ligne du tableau.
Si vous choisissez l’ordre de Flavobacteriales (Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales), le groupe extérieur devrait être Flavobacteriia, non Flavobacteriales. Or vous n’avez pas de séquence, qui tombe surement dans le groupe extérieur (on ne connait pas l’ordre de la séquence dans la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia )
Si vous choisissez la classe Flavobacteriia les séquences de lignes
- Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales
- Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales
ferons partie de votre groupe d’étude. Le groupe extérieur sera tous les Bacteroidetes non Flavobacteriia, ce qui correspond à plusieurs lignes.
Cordialement,
Emese Meglecz
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lea19
10 Apr 2021 22:26
Contribution non évaluée |
ok , j'ai compris merci beaucoup
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