Bonjour,

Le Blast (avec 20 000 résultats) nous propose des homologues qui semblent tous cohérents (quasi exclusivité de squalene/phytoene synthase) de 10^-69 à 3 (voir plus)!!

A partir de 10^-3 on constate l'apparition progressive de possibles faux positifs, mais la transition est très vague et ils ne sont absolument pas majoritaires par rapport aux squalenes/phytoenes synthases.

Dans ce cas, comment choisir le seuil?

Nous en avons parlé à la clinique pédagogique hier: votre cas est assez rare (des homologues potentiels aux E-values BLAST bien au dessus de 1e-10) et montre bien l'inexistence d'un seuil de E-value universel!

Dans ce cas, soyez stringent: placez le seuil avant l'apparition du premier "faux positif" (hit proposé par BLAST qui n'est probablement pas un homologue). D'après votre observation, ce serait donc 1e-3 (je n'ai pas vérifié dans votre rapport BLAST), même si au delà de ce seuil sévère il reste de vrais positifs (homologues).