Bonjour,

J'essaie de définir mes ingroup et outgroup à partir de mes séquences obtenues à partir de blast.

A partir de là je ne sais pas quoi faire, ensuivant la FAQ j'aurai voulu prendre les alphaprobacteria mais pour cela il faut des séquences de chaque classe sauf que je n'ai que des représentants des gammaprobacteria.

Ensuite je me suis dit que je devrais reculer et peut-être prendre le phylum des proteobacteria mais les deux autres phyla sont au dessus de mon e-value treshold. Ce qui n'est pas bon.

Devrais-je partir sur un ingroup des alphabprobacteria mais sans outgroup ce qui donnerait un arbre non enraciné ?

Merci

Update : j'ai augmenté le nombre de séquences homologues sur blast et réajusté la e-value treshold, j'ai trouvé mes groupes. Donc résolu (normalement)

Update : j'ai augmenté le nombre de séquences homologues sur blast et réajusté la e-value treshold, j'ai trouvé mes groupes. Donc résolu (normalement)

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Bonjour,

Si vous faites l'hypothèse que les alphaproteobacteria sont le groupe taxonomique d'où provient votre séquence et que l'ensemble des séquences évoluent ~ à la même vitesse, alors vous vous attendez à ce que les evalues et les scores liés à la comparaison de votre séquence avec les séquences d'alphaproteobacteria soient non chevauchant avec ceux observés pour les séquences des autres groupes taxonomiques comme les gammaproteobacteria qui pourraient représenter un groupe extérieur pertinent.

Si ce n'est pas le cas, et que les scores et evalues chevauchent entre les groupes taxonomiques, il faut étendre la définition du groupe d'étude pour inclure tous les groupes taxonomiques dont les evalues et les scores chevauchent et redéfinir le groupe extérieur en conséquence.

Si au final les evalues et scores de tous les groupes taxonomiques chevauchent, alors vous ne pourrez définir qu'un groupe d'étude constitué de toutes les séquences et pas de groupe extérieur.

En espérant que ces explications vous aident

Cordialement,

Céline Brochier