Bonjour Monsieur, 

Désolée, je n'avais pas vu que vous proposiez un zoom ce matin et j'avais cours à 10h... 

J'ai un petit soucis consernant les domaines retenus sur interpro, vous l'avez d'ailleurs remarqué lors de la première correction... 

J'ai un domaine qui possède une plus faible E-value mais qui est moins informative que le deuxième au point de vue du contenu de la fiche; ce premier domaine est cependant plus précis concernant la fonction exacte de ma séquence. Au début de mon analyse, je retiens donc ce domaine. Cependant, lors des explications de la fonction, c'est la fiche du domaine redondant qui est la plus informative. 

Alors ma question est la suivante, est-ce que je dois retenir un seul domaine : le domaine avec la plus faible E-value et qui apporte une information plus précise mais moins détaillée. Avec la posibilité de détailler cette fonction en utilisant la fiche du domaine redondant ? 

Ou bien, il semble plus correct de retenir les deux domaines pour pouvoir les citer ? 

Merci d'avance, 

Chloé

Bonjour,

Pour le zoom de jeudi, Julien avit pris RV et j'ai partagé avec la promo au cas où d'autres voulaient en profiter. Si besoin je peux faire un zoom après mes cours à partir de 16h30 aujourd'hui vendredi (me prévenir le cas échéant).

Concernant le domaine, je pense que le plus logique serait de retenir le domaine avec la fonction prédite la plus précise possible, tout en exploitant les informations des fiches des autres domaines redondants (et a priori moins précis) pour argumenter votre hypothèse de fonction pour l'ORF (les autres domaines non retenus / redondants peuvent être cités dans votre argumentation).

Bonjour, 

Super, merci c'est ce que je vais faire alors ! 

Oui je veux bien faire un zoom à 16h30 s'il vous plait parce que dans ma deuxième séquence je suis très embêtée ! 

Je remarque plusieurs choses à améliorer, par exemple dans le choix des séquences homologues lors du blastp contre NR, mais si je modifie le choix des séquences, je dois refaire complètement l'alignement et donc l'arbre... 

Dois-je donc tout reprendre ? 

En plus, vous me proposez une autre solution pour faire rentrer mon ORF dans le phylum des Bacteroidetes, mais si je fais un autre arbre, je dois justifier dans alignement mutiple et dans le choix du groupe d'étude... 

Je dois tout effacer et recommencer ou bien je finalise en rajoutant un paragraphe dans chaque partie pour que le lcteur puisse suivre mon raisonnement ? 

Merci d'avance, 

Chloé

Oui on peut faire un zoom à 16h30 : je mets le code dans un message à suivre.

Tout refaire semble compliqué avec si peu de temps avant le rendu, donc je pense que c'est plus sage à ce stade d'éventuellement tenter un dernier arbre avec une sélection alternative de séquences, et de ne le traiter qu'en arbre "supplémentaire" dans la section phylogénie ?

Super, on pourra mieux en parler alors ! 

Oui, ceci me semble mieux