Bonjour,

Dans cette partie j'ai ajouté des séquences de NR à mes séquences RS car je n'avais pas assez d'homologues.

Mais j'avais oublié d'ajouter le blast NR et le tax report NR dans la partie rapport taxonomique.

En le faisant je me rend compte que j'obtients maximum 4920 homologues avec NR alors que mon premier blast RS me donnait 5000 homologues.

En faisant de rouveau un blast RS je n'ai plus que 4984...

Première question : comment se fait il que j'ai plus d'homologues dans RS que NR ?

Deuxième question : est ce que je garde le bast NR comme cela (sachant que j'avais rajouté 20 sequences NR pour faire mon MSA et arbre) ? je ne me vois pas refaire toute l'analyse de ma séquence avec la derniere version du blast RS....

Merci, j'espère que c'est assez clair

Bonsoir,

En fait il n'y a pas plus d'homologues dans RS que NR, les listings BLAST sont tronqués dans les deux cas (E-value max 6e-29 dans NR), donc on ne sait pas combien il y a d'homologues dans les deux banques, mais c'est très supérieur à 5000 au vu des e-value max.

Les légères variations en dessous des 5000 attendus pourraient être dues au paramètre "exclude environmental samples" qui filtre les résultats après le BLAST à 5000.

Il n'est pas nécessaire de refaire les analyses avec les dernières versions des banques, c'est une quête avec leurs mises à jour quotidiennes...