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choix de séquences |
HajarIslem
26 Sep 2020 19:53
Contribution non évaluée |
Bonjour,
je voudrais savoir qu'est ce que vous en pensez de cette séquence?
merci.
Hajar.
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EMeglecz_PGF20
28 Sep 2020 7:46
Maître de jeu |
Bonjour,
Cette séquence est 100% identique à une séquence de la BDD Refseq. Elle ne convient donc pas.
Pour éviter de perdre plus de temps, je vous autorise à utiliser la séquence HMP1_9149030 que vous m’avez montrée pendant la séance. Les meilleurs hits de cette séquence ont entre 95-96 % identité avec l’ORF.
Bon courage,
Emese Meglecz
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HajarIslem
2 Dec 2020 18:12
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Pouvez vous nous expliquer la partie soulignée de cette phrase s'il vous plait ?
"G5-domain-containing-protein, peptidases, zinc-mettalloprotease" ==> TB, mais quid des autres fonctions par ex "YSIRK-type signal peptide-containing protein" ?
merci.
BOUAMOUT Hajar - TOUMI Islem
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HajarIslem
2 Dec 2020 18:14
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Pouvez vous nous expliquer la partie soulignée de cette phrase s'il vous plait ?
"G5-domain-containing-protein, peptidases, zinc-mettalloprotease" ==> TB, mais quid des autres fonctions par ex "YSIRK-type signal peptide-containing protein" ?
merci.
BOUAMOUT Hajar - TOUMI Islem
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PHingamp_PGF20
2 Dec 2020 23:27
Maître de jeu |
Bonsoir,
Cette question n'est pas posée au sujet de la bonne séquence et concerne en fait HMP1_9149030. La remarque citée "mais quid des autres fonctions" souligne le fait que vous avez conclu "Les fonctions des homologues appartiennent à la famille des : G5-domain-containing-protein, peptidases, zinc-mettalloprotease" mais n'avez pas du tout mentionné les fonctions observées pour d'autres homologues qui ne ressemblent pas à cette famille, par exemple "YSIRK-type signal peptide-containing protein" ou encore "FIVAR domain-containing protein" qui sont pourtant assez nombreuses et avec des E-values très significatifs ?
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