Bonsoir, 

Je voudrais savoir si je peux envisager de choisir un groupe extérieur en fonction d'une recherche de BLAST qui me donne ceci :

                                    
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value   Ident

MAE37911.1 translation initiation factor IF-2 [Pelagibacterace...  567     0.0     66%         
MAD59182.1 translation initiation factor IF-2 [Flammeovirgacea...  484     1e-163  88%         
WP_032113145.1 translation initiation factor IF-2 [Candidatus ...  381     4e-120  62%         
NLF55505.1 translation initiation factor IF-2 [Thauera phenoli...  374     1e-119  58% 

Est-ce que la e-valeur 0.0 est problématique ? 

Merci pour votre retour

Agnès

Bonjour Agnès,
 
« Est-ce que la e-valeur 0.0 est problématique ? »
L’Evaleur 0.0 signifie que la valeur est très petite, elle approche de zéro. Dans le pratique BLAST affiche 0 si l’Evaleur est < 1e-182. C’est une valeur très hautement significative.

Basez-vous sur le tableau récapitulatif des groupes avec leurs fourchettes des Evaleurs.
Attention!  Il me semble que votre rapport taxonomique est partiel. Vous avez beaucoup moins de hit que 5000 et les derniers hits ont encore une Evaleur très faible. Cela indique qu’il y a encore beaucoup des séquences très similaires dans le BDD.

Bonne journée,
Emese

Merci beaucoup pour votre retour. 

Oui je vais relancer le BLAST effectivement il n'est pas complet ! Mais le site avait encore bugué :(( J'ai la poisse !!