Bonjour Madame Meglecz,

Pour SWISSPROT, j'ai trouvé une e-valeur seuil<0.002 mais j'ai deux séquences avec une même e-valeur de 8e-4 donc assez mauvaise. Celle qui a un score de 32, pourrait être un homologue à ma séquence en vu du commentaire de la fiche. Ai-je bien fait de la considéré comme un homologue? Car j'ai du prendre aussi l'autre séquence qui ne me parraît pas être homologue en vu des commentaire et de QuickGo.

Bien cordialement.

Eléonore

Bonjour Éléonore,

Désolée, pour ma réponse tardive. N’hésitez pas à me relancer (par mail) si vous n’avez pas de réponse dans 24-48 heures.

Vous avez tout à fait raison que selon l’annotation des séquences ‘Full=Potassium-transporting ATPase potassium…’ parait comme homologue et ‘Full=Ribosomal RNA large subunit methyltrans...’ non. Il n’est pas rare d’observer une fourchette d’E-valeurs, où certaines séquences sont des homologues à la séquence requête, d’autres non.

L’idée de choisir un seuil est de garder pour les analyses suivantes que des séquences homologues.  Car aligner des séquences non homologues et construire un arbre phylogénétique basé sur cet alignent n’a pas de sens biologique.
Pour cette raison, il faut choisir le seuil de manière conservative : toutes les séquences avec des E-valeurs plus petites que le seuil devraient être des homologues. Ceci est au prix d’exclure certaines séquences homologues avec des Evaleur plus élevées que le seuil. En bref, choisissez l’Evaleur seuil juste au-dessus de première séquence non homologue.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Melecz,

Merci beaucoup pour votre aide.

Bien cordialement.

Eléonore