Bonjour ,
je n'ai pas les valeurs de support aux noeuds des arbres pour la méthode BioNJet FIML et je n'arrive pas a les définir avec ce test statistique : (Approximate Likelihood-Ratio Test (aLRT):) comment puis-je faire ?
Aprés avoir mit en couleur mes arbres dans analyse des résulats je n'arrive pas a les mettre dans résultats brut car tout redevient noir avez vous une solution ?
De plus j'obtient ces echelles pour mes arbres : est ce normal ? je n'arrive pas a analyser
Arbre FIML :------0.1----
Arbre bionj : -----0.05---
merci d'avance .

Bonjour ,
>je n'ai pas les valeurs de support aux noeuds des arbres pour la méthode BioNJ

==> c'est normal, pas de bootstrap, ni de test statistique, réalisé avec la méthode BioNJ. Vous pouvez récupérer l'arbre directement de Treedyn, et le cooler dans la partie Analyse des résultats :

- soit au format texte : il faut alors utiliser l'editeur de texte pour coloriser les branches de l'arbre

- soit au format pdf ou png (à tester) : visiblement les images sout supportées désormais par l'annotathon

>Avec PhyML, et le test statistique est fait par défaut, vous avez donc des valeurs de support de noeud. Mais l'outil Treedyn sur phylogeny .fr présente des bugs, et lorsque vous modifiez l'arbre, vous perdez ces valeurs de support de noeuds. C'est pourquoi, avec la méthode PhyML, vous devez récupérez l'arbre au format Newick avant d'ouvrir treedyn (mettez le aussi dans les résultats bruts), et vous utilisez l'outil local  http://annotathon.org/outils/nw_utils.php   pour faire l'enracinement.

cf regles du jeu : ATTENTION: Utilisez le site http://annotathon.org/outils/nw_utils.php pour raciner et présenter vos arbres au format "TEXTE" (en effet, les manipulations d'arbres par "TreeDyn" sur le site phylogeny.fr ne sont pas 100% fonctionelles). Vous pouvez ainsi avec cet outil contrôler la dimension (largeur) des arbres, et vous pouvez sélectionner la racine souhaitée (indiquez tout simplement une ou plusieurs noms de séquences du groupe exterieur), le tout en préservant l'affichage des valeur de supports aux noeuds des arbres!

==> diminuer la largeur de 180 par défaut à 120

==> Si vous n'arrivez pas à obtenir le même enracinement qu'avec Treedyn, mettez moi les 2 résultats : Arbre enraciné avec Treedyn, sans les valeurs de support de noeud, et celui enraciné avec l'outil local, avec les valeurs de support de noeuds, même si l'enracinement est moins bien.

- De plus j'obtient ces echelles pour mes arbres : est ce normal ? ==> Oui, parce que dans les 2 cas, les arbres sont des phylogrammes, et les longueurs de branches ont une signification, d'où l'échelle.

==> Vous devez interpréter les valeurs de support de noeuds pour les groupes principaux.

Bon travail,

BW