Bonjour ,
>je rencontre quelques souci dans mon alignement par curation les * , : et .) ne s'affiche pas c'est normal ? du coup je ne peux pas répondre aux questions concernant les blocs concervées etc...
==> l'alignement obtenu après la 1ère étape (alignement multiple) et après la curation avec Gblocks (2e étape) sont les mêmes. Les *, : , et . sont visibles sur le format clustal du 1er alignement, les blocs (positions) retenu(e)s pour la phylogénie, ainsi que l'échelle pour se situer dans l'alignement multiple (au-dessus) sont visibles sur le résultat de Gblocks. Il faut donc combiner les 2 pour répondre / aux blocs concervés.
>ou est-ce que l'on doit regarder pour savoir a quel position ce trouve nos séquences ?
Echelle au-dessus de l'alignement obtenu après la curation avec gblocks.
>analyse explicite de la région N-terminale de l'alignement (ORF complet ou non ? Quid du codon d'initiation ? Nombre d'AA manquants ?)
==> position de début de votre protéine putative codée par l'ORF / position de début des autres homologues : est ce que cela confirme le fait que votre ORF est complet ou non en 5' ? Si l'orf est complet, l'alignement multiple vous permet de confirmer la Met initiale, et par conséquent le codon d'initiation. Sinon, vous pouvez donner une estimation du nb d'aa manquants en Nter.
>analyse explicite de la région C-terminale de l'alignement (ORF complet ou non ? Nombre d'AA manquants ?
==> Idem : position de fin de votre protéine putative codée par l'ORF / position de fin des autres homologues : est ce que cela confirme le fait que votre ORF est complet ou non en 3' ? Si l'orf est incomplet en Cter, vous pouvez donner une estimation du nb d'aa manquants en Cter.
Bon travail,
BW