Bonjours,
Suite à la réalisation d\'un alignement multiple et analyse des arbres en découlant, il semblerait que mon orf
provienne d\'une bactérie de type Thermotogales connues pour vivre dans des conditions d\'anaérobie et à des températures
élevée (60à 85°) cela semble donc peu probable sachant qu\'il à été prélevé dans une mer à température ambiante
et me semble t il bien oxygénée (2m de profondeur)... Est il effectivement possible qu\'il s\'agisse d\'une bactérie
Thermotogale ou y à t\'il une erreur dans le choix de mon groupe d\'étude ou des séquences homologues??
(groupe d\'étude: bactéries, groupe extérieur: archéobactéries)  
L\'arbre issu de Neighbor-Joining fait lui le rapprochement avec une séquence \"bacteria environmental samples\" et
je ne sais pas trop quoi en conclure ....
Dois-je recommencer l\'analyse avec d\'autres séquences homologues?
Merci de m\'éclairer ...

Bonsoir,

Votre question est tout à fait pertinente.

Néanmoins, je viens de regarder votre lot. Avant de conclure quant à la position taxonomique de l'organisme d'où pourrait provenir votre ORF, analysez de manière critique vos arbres (en particulier comparez les arbres NJ et parcimonie).
Pour l'arbre NJ, regardez les voisins les plus proches de votre ORF (en faisant abstraction de la séquence environnementale).

Si les arbres sont radicalement en opposition, il faut vous assurez que vous n'avez fait aucune erreur (vérifiez définition du groupe extérieur et du groupe d'étude, vérifiez votre sélection d'homologues, vérifiez votre alignement multiple...)
Si vous êtes surs de n'avoir fait aucune erreur, alors cela signifie que les différences observées entre les arbres sont liés à la méthode utilisée (parcimonie vs NJ). Comparez les à la taxonomie (voir phylogénies de références dans le poly téléchargeable dans la FAQ). Si un des deux arbres est en accord avec la taxonomie, utilisez le pour votre analyse, si aucun des deux n'est en accord avec la taxonomie, il faudra considérer l'information qu'ils apportent avec beaucoup de prudence.

Cordialement,

Céline Brochier

Bonjours,
Merci de votre réponse.
J'ai comparé l'arbre issu de protpars avec le rapport taxonomique et il apparait clairement que l'apparition de cette
bactérie Thermotogales semble due au hasard de l'évolution ... en effet je n'ai pas retrouvé d'autres thermotogales,
je pense qu'il doit donc s'agir d'une erreur de sélection des homologues ... j'ai effectué un nouvel alignement multiple
en supprimant la bactérie en question. L'arbre parcimonie issue me semble très bien et fait clairement la distinction entre
le groupe d'étude et le groupe externe, celui de NJ étant moins évident, je pense axer mon analyse sur le premier qui
est conforme à la taxonomie et au résultat attendu.

Merci de votre aide
Cordialement.