Bonsoir, s'il vous plait, j'ai quelques questions par rapport au derniere partie qui concerne l'arbre.

en fonction de quoi qu'on choisit le groupe externe sur lequel on enracine les arbres

les valeurs de support de noeud signifient quoi? je sais que ca a un lien avec la distance en terme d'evolution entre la racine et la sequence en branche... mais comment je peux annalyser?

dans la partie resultats bruts, je perds les couleurs de l'arbre, et j'ai essayé de colorer les branches des arbres dans une autre rubrique que "analyse bruts" , mais une fois je copie et je colle tout devient noir, pouvez vous me dire comment le faire? (+ quand je colle l'arbre dans une autre case pour essayer de colorer je perds l'aspect generale de l'arbre et les branches se mélangent!!)

pourquoi on obtient des differences entre les arbres puisque c'est censé "raconter" la meme histoire évolutive?

et pouvez vous s'il vous plait m'indiquer comment repondre a ces deux questions

-> vos arbres phylogénétiques de gènes sont-ils cohérents avec les arbres des espèces ("arbre de la vie")? Est-ce que vous retrouvez les différents groupes taxonomiques (ou sous-groupes) de la taxonomie de référence ? 
-> repérez tout écart avec la phylogénie de référence, et proposez des hypothèses (HGT, duplication de gènes...)

je vous remercie.

>en fonction de quoi qu'on choisit le groupe externe sur lequel on enracine les arbres

==> Définition du groupe externe : il doit être de même niveau taxonomique que le groupe d'étude

cf document phylogénie sur ametice : 2/ Définir un groupe extérieur constitué de l’ensemble des lignées de même niveau taxonomique que le groupe d’étude.
⇒ Choisir les séquences parmi l’ensemble de ces lignées de telle sorte que l’ensemble des lignées soit représentées.

==> Si votre question porte sur l'enracinement de l'arbre : il faut repérer sur votre arbre le groupe correspondant aux seq du groupe externe OU un groupe contenant un maximum de séq du groupe externe (car il peut y avoir des mélanges entre groupe d'etude et externe qui seront à expliquer), c'est ce groupe que vous utiliserez pour enraciner l'arbre.

>les valeurs de support de noeud signifient quoi?

==> Non, ce sont les valeurs de support de noeuds, qui indiquent la robustesse de chaque noeud par rapport au jeu de données de départ. A interpréter comme les valeurs de bootstrap, vu en cours, même si ici ces valeurs sont obtenues par un test statistique. noeud robuste >60-70%.

>je sais que ca a un lien avec la distance en terme d'evolution entre la racine et la sequence en branche

==> NON

>dans la partie resultats bruts, je perds les couleurs de l'arbre,

==> collez le dans la partie "analyse des résultats", et utilisez l'éditeur de texte pour le coloriser.

>pourquoi on obtient des differences entre les arbres puisque c'est censé "raconter" la meme histoire évolutive?

==> vous utilisez des méthodes différentes. L'arbre inféré n'est qu'une hypothèse posée sur l'histoire évolutive, sans être sûr que l'arbre inféré raconte la véritable histoire évolutive. Il faut donc justement voir si vos 2 arbres construits ave 2 méthodes différentes sont congruents, s'ils racontent la même histoire évolutive, malgré l'utilisation de méthodes différentes, ou s'il y a des différences entre les 2. C'est pour cela que vous devez décrire la topologie des 2 arbres, pour mettre en évidence les points communs et/ou les différences.

-> vos arbres phylogénétiques de gènes sont-ils cohérents avec les arbres des espèces ("arbre de la vie")? Est-ce que vous retrouvez les différents groupes taxonomiques (ou sous-groupes) de la taxonomie de référence ? 
==> Il faut toujours comparer l'arbre de gène à la taxonomie de référence. Si vous avez des incohérences entre les deux (mélanges de séq entre groupe d'étude et externe, pas les meme branchements, mélanges de séq entre les sous-groupes d'un groupe taxonomique, il faut les expliquer (cf repérez tout écart avec la phylogénie de référence, et proposez des hypothèses (HGT, duplication de gènes...). C'est qu'il y a des événements évolutifs (transfert horizontal de gènes (dans quel sens), duplication de gènes) qui se sont produits au cours de l'évolution.

Cf document phylogénie sur ametice : cas difficiles d'interprétation

Bon travail,

BW