Bonsoir,je voudraais savoir comment analyser kes Blocs conservés.Où est-ce qu'on les analyse et sur quoi se base t-on pour inférer qu'ils sont conservés?Je vous remercie.

Bonjour,

Pour regarder les blocs de conservation il faut regarder vos résultats d'alignement multiples .

Le but est d'identifier des blocs ou régions conservés

Bonne journée

Je vous remercie,cependant,pour notre cas,on retrouve quelques  éléments du groupe exterieur qui se retrouvent dans le groupe d'étude,que faut-il faire?

Parlez-vous toujours de la partie alignement multiple si oui il est normal d'observer des blocs communs entre votre ORF, vos sequences du groupes d'etude et celle de votre groupe extérieur.

Si cela concerne la phylogénie il est possible que certaines séquences se retrouvent au mauvaise endroit il vous faut analyser les clades est observer si votre séquence appartient à un clade composé de séquence de votre groupe d'étude.

Bonjour,

je complète la réponse de Florian concernant les blocs.

Pour les blocs conservés, ne regardez pas seulement les blocs définis avec Gblock : ce sont les positions retenues pour réaliser la phylogénie.

Ces blocs correspondent effectivement  à des régions fortement conservés entre les séq, sans gap en général.

Mais cette information est à combiner avec les résidus fortement conservés identifiés sur votre 1er alignement multiple (cf les *, : et .).

Combinez les 2 informations et établissez vos propres blocs, que vous pouvez indiquer sous l'alignement multiple Gblocks  de cette manière : <===== A======>.

cf -> Pour ce faire, rien de mieux que d'annoter directement l'alignement multiple de GBLOCKS avec des codes "A", "B" etc. pour repérer les régions d'intéret, pour y faire ensuite référence dans vos analyses

Bon travail,

BW

Bonjour, 

A quoi correspond les valeurs obtenues sous l'alignement  : [398  415]  [453  468]  [480  494]  [511  536]  [538  568] ?  

je vous remercie

Cordialement

Abrahamian Mélanie

Bonjour,

Les valeurs correspondent au blocs conservés cf réponse de B_Wirth juste au dessus

Cordialement

Florian Rosier

Bonjour,
Sous l'alignement Gblocks, je suppose ?
Ce sont justement les blocs définis par l'outil Gblocks.
Gblocks permet de faire la curation de votre alignement multiple.
Toutes les positions de l'alignement multiple ne seront pas prises en compte pour la construction de l'arbre phylogénétique : la curation permet d'éliminer les positions avec des gaps (absence d'information dans certaines séquences), ainsi que les positions ambigues. Seules les positions les plus fiables seront ainsi retenues pour la construction des abres phylogénétiques.
Par exemple : New number of positions in input.fasta-gb:  109  (23% of the original 466 positions) ==> 109 positions retenues par Gblocks sur les 466 positions totales de l'alignement multiple. Par ailleurs, 466 positions correspond donc à la taille totale de l'aligenment multiple.

Ces positions sont réparties en X blocs, par exemple :

Flank positions of the 5 selected block(s)
Flanks: [104  116]  [132  150]  [209  240]  [287  313]  [411  428]  

==> 5 blocs dont les coordonnées sont indiquées.

Ces blocs sont aussi indiqués par la barre bleue sous l'alignement Gblocks (versions html), ou par des # sous l'alignement Gblocks (version texte dans vos résultats bruts).

Bon travail,

BW