Bonjour,

Suite aux recherches, je trouve 2 groupes bien distincts: le groupe d'étude Alphaproteobacterie , et les groupes extérieurs: Gammaproteobacteries et Betaproteobacterie. Néanmoins, j'ai un doute concernant mon groupe d'étude. L'enracinement ne me parait pas très clair. De plus, le noeud qui regroupe le groupe d'étude et ma séquence n'est pas très robuste!

 Ai-je fais une erreur quelque part ou puis-je continuer avec ces résultats?

Merci d'avance!!

Déborah BIGARD

Désolée, je ne suis pas sure d'avoir choisi le bon forum pour poser la qestion...

Bonjour Deborah,

Il est un peu difficile à lire votre arbre, car les nœuds sont très rapprochés à la base de groupe d’étude. Ceci n’est pas votre faute. Par contre, je pense que vous avez fait une erreur de copier-coller, car la valeur de robustesse 0.97 devrait se trouver à la base de groupe d’études.

À part l’erreur de copier-coller, je ne vois pas d’erreur. Vous pouvez continuer avec vos résultats.

Vous avez enraciné correctement l’arbre, et les noeuds de groupe d’étude et le groupe extérieur sont bien soutenus.
Pourquoi pensez-vous que la robustesse du noeud immédiatement au-dessous de l’ORF (0.233) est importante ? Un nœud robuste à cet endroit pourra aider de faire une assignation taxonomique plus fine que les alphaprotéobactéries ?

Vérifiez la fiche NCBI des séquences de groupe extérieur qui sont dans la branche de groupe d’étude, pour voir si vous trouvez une indication pour des erreurs d’annotation éventuelles.

Bonne soirée,
Emese Meglecz