Bonsoir,

J'essaye de comprendre l'explication des gaps à l'intérieur des alignements multiples, je ne trouve pas beaucoup d'informations sur internet et dans le cours. 

Est-ce que le fait que des gaps aient une même position à l'intérieur des séquences d'un même groupe sur l'alignement pourraient s'expliquer par des mutations conservées au sein de ce groupe (comme par exemple des délétions) ou cela n'a absolument rien à voir ? 

Merci,

bonne soirée

Christelle Gobet

Bonjour Christelle,

Quand il y a des gaps généralement la même longueur et cadrés par des positions plutôt conservées on a une bonne raison de croire que le gap reflète une insertion ou délétion dans une séquence ancestrale, dont les descendants héritent indel. Dans votre alignement c’est le cas dans la région autour de 340-360 positions ou probablement l’ancêtre des séquences BPBNNJ1_Ba, BPBNNC1_Ba, BPBNNI1_Ba a eu une insertion. Ces séquences forment une branche exclusive dans l’arbre. L’histoire est donc assez claire.

La situation est beaucoup, plus compliquée dans les régions, où la longueur des gaps varie, et on ne voit pas nécessairement un pattern phylogénétique (les séquences avec la même longueur de gap ne forment pas nécessairement une branche monophylétique). Dans ces cas, il y a eu probablement de multiples événements d’insertions et délétions. En conséquence, les séquences sont difficiles à aligner sur la région, et probablement le programme d’alignement n’a pas réussi de faire un alignement qui reflète histoire évolutive des séquences. C’est la raison principale pour enlever ces positions avant de faire la phylogénie.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour,

Merci beaucoup pour votre réponse qui me permet d'y voir plus clair et de confirmer certains soupçons !

Pour votre premier point : j'avais repéré aussi l'emplacement de gaps 421 à 426 partagés par tout le groupe extérieur, sauf 1 séquence BPGPPP1 qui est d'ailleurs une des séquences dont j'ai relevé une possible "erreur" dans la partie "arbre" (inférence d'un projet métagénomique basé sur une alpha). Du coup cela pourrait peut être être aussi une délétion ou insertion ancestral ici, de l'ancêtre commun au béta et gamma

Pour votre deuxième point : du coup ceci pourrait expliqué quand un aligenement n'a pas un gros pourcentage de position conservées alors que tout le reste semble cohérent ?

Merci beaucoup !

Ps : j'ai de gros problème de connexion sur annothaton (et l'ent amu) depuis hier, j'espère que ça va continuer à marcher d'ici que je soumette l'annotation 2.

Bonne journée

Christelle Gobet

Re-bonjour Christelle,

"Pour votre premier point : j'avais repéré aussi l'emplacement de gaps 421 à 426 partagés par tout le groupe extérieur, sauf 1 séquence BPGPPP1 qui est d'ailleurs une des séquences dont j'ai relevé une possible "erreur" dans la partie "arbre" (inférence d'un projet métagénomique basé sur une alpha). Du coup cela pourrait peut être être aussi une délétion ou insertion ancestral ici, de l'ancêtre commun au béta et gamma"

Très bonne observation !

"Pour votre deuxième point : du coup ceci pourrait expliqué quand un aligenement n'a pas un gros pourcentage de position conservées alors que tout le reste semble cohérent ?"

Oui ! Mais dans  majorité du temps, une ou quelques séquences partielles sont les responsables pour les pertes des positions.

Bon travail,

Emese Meglecz