Bonjour, j'ai du mal en ce qui concerne la valeur seuil même aprés avoir vu les vidéos. De ce que j'ai compris c'est la valeur qui sépare les homologues des non homologues. Mais comment la trouver? La valeur pour SP est élevé donc je dirais que ce n'est pas un homologue cela marche t'il comme ça? 

Bonne journée isis

Bonjour Isis,

0.24 est en effet élevé, donc à priori le seul hit de Swissprot n’est pas un homologue. Mais ceci n’est qu’un indice. Vérifiez également sa fonction. Si cela est compatible avec les fonctions des hits de BLAST, la séquence de swissprot peut quand même être homologue à l’ORF.

Pour le BLAST nr vous avez dit que le seuil est ‘<8,4’. Cela indique que vous pensez que certains hits ne sont pas homologues (le seuil est plus petit que la valeur max) , mais vous ne pouvez pas le déterminer. Soyez plus précise. Trouvez la première fonction sur la liste des fonctions qui est clairement incompatible avec la fonction des meilleurs hits et placez le seuil là.
Typiquement le seuil est entre 1e-10 et 10.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour cette réponse . je suis donc allé sur le site quick go pour connaitre la fonction du dernier hit trouvé par bast nr et il y à marqué : endonucléase, endodeoxyribonucléase et endoribonucléase. Pour mon meilleur hit trouvé, il y a comme fonction exonucléase, endonucléase. Je peux donc dire que se sont des homologues même si la E-valeur est élevé. En ce qui concerne SP la fonction est également une exonucléase j'en conclu donc la même chose c'est homologue à notre meilleur hit . Du coup est ce possible que tout soit homologue? est je mal compris?

Je viens de reregarder la vidéo sur les homologues et et vous dite pour votre ORF que tous les hits sont homologue même le SP qui à une valeur élevé donc je crois que j'ai la réponse à ma question.

Bonjour Isis,

OK, pour Swissprot vous avez raison.
Pour le NR il ne suffit pas de regarder que les fonctions des meilleurs hits et les pires.
Vous avez une série des fonctions avec de mauvaises E-valeurs où à priori, l’homologie n’est pas évidente.

Par exemple :
Alkaline phosphatase
lipoprotein
PKD domain-containing protein
T9SS type A sorting domain-containing protein

Si vous trouez que ces fonctions sont trop éloignées de la fonction majoritaire, il faudra baisser la valeur seuil.

Bon travail,
Emese MEglecz

Merci pour votre réponse mais si par exemple T9SS type A sorting domain-containing protein qui à une E-valeur de 3,3 n'est pas homologue et que je décide donc de mettre cette valeur en valeur seuil cela veux dire que je considère tout ce qui est au dessus de cette valeur comme non homologue. Hors certaines fonction avec des valeurs plus haute sont homologues comment faire .? 

Bonjour Isis,

Cet aspect a été traité plusieurs fois sur le forum.
Le but d’établir un seuil c’est de retenir que des séquences homologues pour la phylogénie. On veut être conservative (prudent) et établir un seuil de qui ne retient aucun non-homologue. Évidemment ceci comporte un risque de perdre quelques séquences homologues.

Bon après-midi,
Emese Meglecz

Merci beaucoup, il y à tellement de chose que je m'y perd un peu.