Bonjour,

J'ai utilisé une nouvelle séquence et obtenu le tableau suivant:

En choisissant comme groupe d'étude les Flavobacteriia, le groupe externe serait les bactéroidetes. Seulement, le nombre de hits obtenu pour le groupe externe me parait trop faible (un seul hit), et la différence de e value nulle.

Selon quels critères choisir alors le groupe d'étude?

Cdlt,

Audelia

Bonjour Audélia,

Vous avez une faible pour les séquences compliquées ;)

J’ai regardé un par un les quelques hits avec un E-valeur 0. Ils proviennent tous d’un metagenome marin, donc annotés automatiquement et d’après quelques analyses supplémentaires je suspecte une mauvaise assignation taxonomique pour tous ou au moins pour la plupart d’entre eux.
Cela vous donne des résultats très difficiles à interpréter, car vous avez des hits avec  Evaleur de 0 pour différents phyla bactériens et même pour un Archaea.

Si vous voulez continuer d’analyser cette séquence, il faudra ignorer temporairement les lignes suivantes de votre tableau:
    
Classification    nb lines    nb hits    min E-value    max E-value
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales    3    4    0.0    6e-152
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales    1    1    0.0    0
Bacteria:    8    12    0.0    7e-140
Bacteria:Actinobacteria:Acidimicrobidae:Acidimicrobiales    1    1    0.0    0
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Corynebacterineae    2    3    7e-144    6e-137
Bacteria:Actinobacteria    1    1    1e-139    1e-139
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Propionibacterineae    1    1    1e-139    1e-139
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micrococcineae    3    4    1e-136    6e-135

Bien que ce sont les meilleurs hits, ils sont très peu nombreux et comme j’ai dit probablement mal assignés. Malheureusement, votre situation ne sera pas plus simple, car les Evaleur des différents groupes restants sont encore très rapprochés. Il est donc difficile d’établir un groupe d’étude, et en plus on sait qu’on a déjà un biais dans les analyses, car on a ignoré certaines séquences.

Si vous voulez absolument garder cette séquence, il faudra être inventive et très critique envers vos résultats. C’est un exercice franchement compliqué.

Bon courage,
Emese Meglecz