Bonjour Madame, 

J'ai un petit soucis quand à mon arbre phylogénétique.

Les Flavobacteriales ne sont pas toutes dans un groupes et il y a d'autres taxons avant et après, comparativement à votre exemple, j'ai pourtant enraciné l'arbre. 
Mon arbre actuel est le meilleur enracinement que j'ai pu trouver. 
Dois-je supprimer des séquences pour avoir quelque chose de plus clair? J'ai choisi comme groupe d'étude les Flavobacteriales contre les autres CFB non-Flavobacteriales.

Bien cordialement, 
Karène Funaro

Bonjour Karène,

En effet, il n’est pas possible d’enraciner votre arbre pour que le groupe d’étude et le groupe extérieur soient parfaitement séparés, mais je pense qu’il y a moyen d’enraciner votre arbre pour mieux regrouper les séquences du groupe d’étude.

Actuellement, vous avez 2 séquences d’un côté de la racine, et toutes les autres à l’autre. Je suppose que vous avez essayé de mettre toutes les séquences de Flavobacteriales du même côté de la racine, mais en faisant comme ça, il y a beaucoup des séquences de groupe extérieur qui se trouvent dans la branche de groupe d’étude. Essayez de mettre la racine entre le nœud avec 0.913 comme support et le reste de l’arbre. Dans ce cas, vous allez avoir que des Flavobacteriales et l’ORF d’un côté de la racine, et toutes les séquences du groupe extérieur + quelques Flavobacteriales de l’autre.
Bien que cet arbre ne soit pas parfait, vous pouvez proposer une hypothèse sur la taxonomie de l’ORF en mettant tous les bémols nécessaires à cause des incertitudes.

Petite correction pour le groupe d’étude/extérieure :
Les meilleurs hits viennent de Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales.
Si vous choisissez l’ordre des Flavobacteriales comme groupe d’étude, alors le groupe extérieur devrait être les Flavobacteriia non-Flavobacteriales. Sauf que vous n’avez pas de séquence clairement annotée au groupe éxterieur, car la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia peut correspondre au Flavobacteriales ou à d’autres ordres. On n’a pas assez d’information.

Vous pouvez garder la même sélection des séquences que vous avez en ce moment, mais nommez correctement votre groupe d’étude.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci beaucoup pour votre réponse, 
Sinon je pensais changer de groupe extérieur et prendre tout simplement les GSB - Chlorodi. 
Je vais essayer les 2 cas et voir ce qui me parait le plus judicieux, 

Bien cordialement, 

Karène Funaro
 

Oui. C'est une bonne idée.

OMRGCv2_8218230.48

BBonjour jai un probleme pour enraciner mon arbre de plus je ne trouve pas de noeud pour mon orf je voulais savoir ou je dois mettre ma racine ? MERCI

GROUPE DETUDE : gammaproteobacteria (Methylococca ,thiotricale,Pasteurellal ,Vibrionales ,Alteromonadal,Oceanospiril  ,

Cellvibriona,Xanthomonadal saliniphaer legionellal chromatiale nevskial  )

groupe exterieur ; Alphaproteobacteria (Rhodospirill ,,Rhizobiales , Parvularcula ,Kiloniellale, Kordiimonada ,Sneathiellal

,   , )

                           Betaproteobacteria (Nitrosomonadal, burkholderial,rhodocyclales)

  +-------+ BPBRAD1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales                                  
 ++ 0.890000                                                                                                  
 |+--------+ BPBBBP1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial                                 
 |                                                                                                            
 | +---+ BPBNNN1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Nitrosomonada                                     
 |++ 0.860000                                                                                                 
 ||+0.000000PBNGC1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Nitrosomonada                                   
 ||                                                                                                           
 ||-----+ BPGTTL1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Thiotrichale                                    
=||                                                                                                           
 ||             +-----+ BPGVVP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Vibrionales                       
 ||         +---+ 0.983000                                                                                    
 ||       +-+ 0.885000-+ BPGPPR1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Pasteurellal                     
 ||       | |                                                                                                 
 ||       | +-------+ BPGAPP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada                        
 ||     +-+ 0.837000                                                                                          
 ++ 0.998000 +-----+ BPGOOA1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril                         
  |    ++ 0.76900040000                                                                                       
  |    ||    +--------+ BPGCCC1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Cellvibriona                      
  |    ||                                                                                                     
  |    |+--------+ BPGMMM1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Methylococca                           
  |    |                                                                                                      
  |    |           +----+ BPARMT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales                     
  |    |        +--+ 0.937000                                                                                 
  |    |      +-+ 0.925000PARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill                     
  |    |      | |                                                                                             
  +----+ 0.623000.394000BPAKKK2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale                      
       |     ||                                                                                               
       |     |+-----------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kordiimonada                  
       |+----+ 0.986000                                                                                       
       ||    |+-----+ BPASSO1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sneathiellal                        
       ||    ++ 0.804000                                                                                      
       ||     +---------------+ BPAPPA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Parvularcula              
       ||                                                                                                     
       ++ 0.801000       +-+ BPGXXP1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada                 
        |  +-------------+ 1.000000                                                                           
        |+-+ 0.778000    +-----+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada             
        || |                                                                                                  
        || +---------------+ BPGCWW1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Chromatiales                 
        ||                                                                                                    
        ++ 0.592000-----+ BPGNSS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Nevskiales-S                    
         |  |                                                                                                 
         | ++ 0.407000----------------+ BPGLLL1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Legionellale      
         | |+-+ 0.435000                                                                                      
         +-+ 1.000000---------+ BPGSSS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Salinisphaer              
           |                                                                                                  
           |                         +------+ BPG1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-E-value2e-90-B 
           +-------------------------+                                                                        
                                     +----+ OMRGCv2-8218230-Translation-234-911-direct-strand                 
                                                                                                              
 |-------------|-------------|------------|--                                                                 
 0           0.5             1          1.5                                                                   
 substitutions/site                        

Bonjour Sarah,

Si vous posez la question à partir de votre propre séquence, cela me donne la possibilité de voir tous les détails. (https://amupod.univ-amu.fr/video/2344-presentation-dannotathon/ ).

Votre choix de groupe d’extérieur n’est pas cohérent. Si le groupe d’études est le gammaproteobacteria, le groupe extérieur n’est pas l’ensemble des Alphaproteobacteria et  Betaproteobacteria.
 Vérifiez l’arbre de vie pour corriger le groupe extérieur ( http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes ) .

Prenez l’arbre de vie des bactéries :

• Localisez votre groupe d’étude ( Gammaporteobacteria )
• Remontez d’un nœud dans l’arbre.
• Le groupe de l’autre côté de ce nœud est le groupe extérieur.

En choisissant correctement vos groupes, l’enracinement sera plus simple.

Bon travail,
Emese Meglecz