Bonjour,

J'ai supprimé quelques séquences pour quand même obtenir un arbre où le groupe d’étude et le groupe extérieur se séparent. Cependant, du coup, tous les sous-groupes du groupe externe ne sont pas représentés, est-ce un problème ? Faut-il trouver d'autres séquences afin qu'ils soient représentés mais qui ne se chevauchent pas avec le groupe d'étude ? (sachant que pour certains il y a peu de séquences donc je ne suis pas sure dans trouver une qui convient..)

De plus, je n'arrive pas a enraciner mieux que cela l'arbre.. je ne comprends pas pourquoi..

J'ai laissé l'ancien et le nouvel arbre dans Annotathon.

En vous remerciant,

Bien cordialement

J'ai reussi à réintégré (dans mon arbre 3) 3 des 4 sous-groupes externes qui chevauchaient dans l'arbre 1 le groupe d'étude et maintenant il sont bien séparés. En revanche pour "Cyanobacteria" j'ai testé les 4 séquences et il est toujours avec le groupe d'étude... que faire ? le supprimé ou le laissé ainsi ?

Je n'ai pas réussi à améliorer l'enracinement...

Rebonjour Chloé,

Apparemment, j’ai envoyé mon message précédent trop tard et vous avez trouvé une solution toute seule.
Votre arbre 3 me semble bien , mais il a un petit bémol : si vous êtes arrivée à cet arbre en enlevant les séquences de groupe extérieur qui étaient dans le groupe d’étude en les remplaçant par des séquences du même groupe avec des E-valeur assez élevées, votre solution n’est pas parfait, car vous ignorez, l’existence des hits avec de bonnes E-valeurs. Dans ce cas, je vous suggère mon option B de mon message précédent (avec un peu plus de Flavobacteriia).

Si vous gardez l’arbre 3, (parce que vous avez choisi des séquences du groupe extérieur avec de bonnes E-valeurs)  il faut changer la racine :
Retrouvez le nœud le moins profond qui englobe tous les Bacteroidetes. Prenez l’identifiant d'une séquence de chaque côté de ce nœud, pour délimiter le groupe d’étude et enraciner l'arbre.

Vous pouvez laisser la séquence Cyanobacteria. Vérifiez si vous trouvez une indication éventuelle d’incertitude de provenance de cette séquence. Même si vous ne trouvez pas, on ne peut pas toujours créer un arbre parfait.

Bon travail,
Emese Meglecz

Rebonjour,

Merci beaucoup pour vos réponses !

J'ai enfin réussi à enraciner l'arbre en effet je faisais une fausse manip..

En revanche j'ai bien enlevé les séquences de groupe extérieur qui étaient dans le groupe d’étude en les remplaçant par des séquences du même groupe avec des E-valeur assez élevées, et j'ignore l’existence des hits avec de bonnes E-valeurs. Et j'avais déjà testé l'option B sans grand succès... je vais réessayer !

Vous avez résolu mon problème pour enraciner l'arbre et j'ai donc pu résoudre le problème sur d'autres séquences qui sont plus "pratiques".

Un grand merci pour vos conseils.

Bonne soirée à vous

Chloé