Bonjour Madame, 

Lorsque que j'arrive à la partie création de l'abre phylogénétique je ne trouve pas vraiment de distinction entre mon groupe d'étude et mon groupe extérieur, mon groupe d'étude est Flavobacteriales et mon groupe extérieur est Flavobacteriia, je ne trouve que deux ou trois séquence de Flavobacteriia et elles sont éparpillé au milieu des autres séquence de Flavobacteriales.

Je bloque au niveau de l'enracinement de l'arbre, je n'arrive pas a enraciner l'arbre comme dans votre exemple, de tel sorte a ce que le groupe d'étude et groupe ext soit séparé au niveau du premier noeud.
Est ce que j'aurai fait une mauvaise manipulation ? 

Peut etre qu'il serait mieux pour moi de changer de groupe, pour prendre par exemple le groupe d'étude Flavobacteriia, et comme groupe extérieur le groupe Bacteroidetes ? Qu'en pensez vous ?

Merci d'avance pour votre retour.

Ps : Je vous est mis l'arbre à partir de Newick tree dans le Block notes. 

Merci beaucoup !

Re bonjour, 

J'ai finalement réussi (je pense). Pouvez vous me dire si mon arbre semble bien enraciné ? J'ai finalement laissé tomber les groupes que j'avait choisies, j'ai prit finalement comme groupe d'étude Flavobacteriia, et comme groupe extérieur les Bacteroidetes. J'ai enlevé mes ancienne recherches car je me perdais dans tout cela.

Merci d'avance ! 

Bonjour Léa,

Oui, vous avez bien enraciné votre arbre :)

Petit détail : Pourriez-vous changer la couleur de la séquence de Saprospiria ? En lisant la légende, c’est clair, mais ça m’a induit en erreur au premier coup d’œil.

Merci,
Bonne soirée,
Emese Meglecz