Bonjour,

J'ai effectué le BLASTx de plusieurs dizaines de séquences à la recherche de fragments intéressants pour une annotation, puis en revenant à la vidéo de présentation de cette étape je me suis aperçu que vous n'aviez pas modifié le code génétique utilisé dans BLASTx (donc par défaut universel). Ne faut-il pas choisir le code bactérien? (je ne l'ai pas fait pour mes BLASTx, j'ai conservé l'universel)

Bonjour HarryTuttle,

Votre observation est très bonne. En effet, on aurait pû/dû changer le code génétique dans BLASTx. Heureusement, le code génétique a très peu d’effet en BLASTx en ce qui nous concerne. La majorité des codons ont le même sens dans les différents codes génétiques. Par exemple entre les codes bactérien et standard que les codons d’initiation possibles diffèrent.
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi#SG1)

Quand BLASTx traduit la séquence requête, il ne cherche pas des ORF. La traduction ne commence pas par un codon d’initiation, et ne s’arrête pas aux codons STOP. On pourra avoir une traduction comme ceci : SNIY**WC*WLVALLPDEPPH
Dans l’alignement, le codon STOP en face d’un acide aminé est compté comme un mismatch (substitution), mais ne l’arrête pas l’alignement. Du coup, on peut utiliser sans problème les alignements qui nous montrent les fragments ressemblants.

Bon travail,
Emese Meglecz

merci pour votre réponse