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GROUPE D'etude imprecis mais forte e value |
hayafarouz
4 Apr 2019 22:01
Contribution non évaluée |
Bonjour ,
je voudrais savoir si je peux considerer ce groupe comme un groupe d'étude:
| Bacteria: |
9 |
13 |
8e-163 |
4e-127
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En effet ,il possede la meilleur E-value de ma liste cependant " Bacteria" n'est pas tres precis ?
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hayafarouz
4 Apr 2019 22:12
Contribution non évaluée |
je precise aussi qu'il est le seul de ma liste
| Bacteria: |
9 |
13 |
8,00E-163 |
4,00E-127 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhizobiales |
943 |
2197 |
6,00E-149 |
2,00E-126 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales |
547 |
1186 |
5,00E-147 |
1,00E-126 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria |
27 |
44 |
2,00E-145 |
1,00E-126 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales |
63 |
135 |
3,00E-138 |
2,00E-126 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Caulobacterales |
49 |
100 |
2,00E-137 |
2,00E-127 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales |
278 |
583 |
7,00E-135 |
2,00E-126 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Emcibacterales |
1 |
2 |
2,00E-134 |
2,00E-134 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Parvularculales |
3 |
4 |
3,00E-134 |
4,00E-130 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sneathiellales |
3 |
4 |
2,00E-131 |
3,00E-130 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kordiimonadales |
3 |
4 |
2,00E-131 |
6,00E-127 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Kiloniellales |
3 |
5 |
1,00E-130 |
7,00E-127 |
| Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Magnetococcales |
1 |
1 |
7,00E-128 |
7,00E-128 |
| Bacteria:Proteobacteria |
2 |
9 |
9,00E-144 |
4,00E-130 |
| Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales |
76 |
117 |
7,00E-142 |
2,00E-126 |
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hayafarouz
4 Apr 2019 22:14
Contribution non évaluée |
En vous remerciant par avance de votre reponse
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Meglecz18CTES
6 Apr 2019 14:47
Maître de jeu |
Bonjour Haya,
Ne basez pas votre groupe d’étude sur la ligne ‘Bacteria: 9 13 8e-163 4e-127’, car dans cette ligne vous on ne connait pas la provenance des hits avec précision. Ça sera dommage de choisir un groupe d’étude très large (bactéries) à cause de ce manque d’information.
Ignorez cette ligne, et déterminez votre groupe d’étude en fonction des autres lignes avec des lignées plus complètes.
Choisissez de séquences de groupe d’étude, et éventuellement, vous pouvez intégrer 1-2 séquence de la ligne des bactéries (avec des très bonnes E-valeurs, mais lignée incomplète) dans votre arbre. Ça sera plutôt par curiosité, car ces séquences ne vont pas vous apporter beaucoup d’information. Logiquement, votre ORF et ces séquences devraient se trouver dans la branche de groupe d’étude.
Bon travail,
Emese Meglecz
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hayafarouz
8 Apr 2019 18:43
Contribution non évaluée |
merci beaucoup pour votre reponse
cependant je fais face à un autre dillemme ,car en choisissant comme groupe d'etude les rhizobiales qui a une e- value de 6,00E-149 , la meilleur e-value de mon groupe exterieur est de 5,00E-147 soit une difference de 2 d'ordre de grandeur,qui n'est pas suffsant pour justifier une separation entre mon groupe d'etude et mon groupe exterieur
puis je considerer mon groupe exterieur a partir des " Alphaproteobacteria:Rhodospirillales" avec une e- value de 3,00E-138 soit une differnce de 11 d'ordre de grandeur .
j'exlurais donc deux lignes de ma classification
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Meglecz18CTES
8 Apr 2019 18:52
Maître de jeu |
Bonjour Haya,
Rhizobiales ne me semble pas un bon choix, pour les raisons que vous avez évoquées.
Le choix du groupe extérieure ne dépend pas des Evaleurs mais de la taxonomie/phylogénie. Donc, si le groupe d’étude est le Rhizobiales le groupe extérieur devrait être tous les Alphaproteobacteria, sauf les Rhizobiales.
Choisissez un groupe d’étude plus large que les Rhizobiales.
Bon travail,
Emese Meglecz
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hayafarouz
8 Apr 2019 19:41
Contribution non évaluée |
j'ai compris
merci beaucoup pour votre réponse!
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