Bonjour,
Après avoir fait mon arbre sur Newick (je l'ai copier coller dans les resultats bruts) il apparait que mon groupe d'étude et le groupe extérieru sont mélangés dans l'ensemble de l'arbre.

D'après les messages sur le forum j'en déduis qu'il faut que je change de groupe d'étude et de groupe extérieur. C'est là que ce pose mon problème : il faut que j'élargisse mon groupe d'étude (qui était Bactéria:Actinobatéria) donc en l'élargissant je choisis (Bactéria) et groupe extérieur (non Bactéria) ? Mais dans ce cas là mon groupe extérieur sera composé de 2 hits...

Ou alors je reste sur groupe d'étude Bacteria:Actinobactéria et en groupe extérieur de choisis Bacteria (Firmicutes), ce qui fait que le groupe extérieur aura un nombre de hit plus important, mais là je n'élargis plus du tout mes groupes.

Et enfin ma dernière solution, je change de séquence. c'est ce qui me parait actuellement je plus logique à faire.

Pourriez-vous me donner votre avis sur mon blocage ?

Merci d'avance

Julie PELCY

Bonjour Julie,

Ce n’est pas facile à interpréter votre arbre. Élargir votre groupe extérieur n’est pas idéale, il n’y a que 2 séquences non bactériennes. De plus, je ne serais pas étonnée que ces séquences soient mal annotées.

Une option possible sera de rétrécir votre groupe d’étude. L’avantage, c’est que la qualité de l’alignement pourra être améliorée en éliminant certaines séquences distantes. Par contre, il y a une difficulté :  On ne connait pas l’ordre des meilleurs hits (Bacteria:Actinobacteria) donc il sera difficile de déterminer à priori le groupe d’étude. Mon parie est que les meilleurs hits sont Actinomycetales (groupe avec beaucoup des hits avec de bons E-valeurs), mais évidemment il n’y a aucune garantie. Échantillonnez donc tous les ordres d’Actinobacteria, est regardez si dans l’arbre il y a un groupe monophylétique qui contient l’ORF. Ce n’est pas très orthodoxe, mais ça pourra marcher.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonjour,

J'ai fais ce que vous me proposez mais l'ORF est vraiment en dehors de l'arbre je ne vois vraiment plus comment choisir mes groupe d'études et extérieurs donc je pense abandonner la séquence.

Julie

Bonjour Julie,

Si vous avez trouvé une autre séquence prometteuse, allez-y. Sinon, pouvez-vous coller votre nouvel arbre (avec le groupe d’étude rétrécie) dans l’annotation de la séquence ? Je voudrais voir si c’est vraiment si désespéré.

Bon courage,
Emese Meglécz

Bonjour,

Je vous ai mis le nouvel arbre dans l'annalyse des résultats de l'arbre phylogénétique sous le nom "arbre 2".

Merci beaucoup pour tout vos conseil

Julie PELCY

Bonjour Julie,

Je trouve seulement l’arbre 1. Êtes-vous sûre d’avoir bien enregistré vos modifications après avoir collé l’arbre2 ?
Emese Meglecz

Bonjour,
En effet j'ai oublié de sauvegarder les modifications... Désolé pour ce contre temps

Julie PELCY

Bonjour Julie,

Vous avez une longue branche avec un très bon soutien avec l’ORF et 2 séquences Candidatus Actinomarinales. Ce groupe fait bien partie des Actinobactérie, mais pas aux ordres présents sur les autres lignes. Le grand bémol, c’est que vous avez très peu de séquences de ce groupe et il faut réenraciner l’arbre.

Si vous êtes coincée dans le temps, vous pouvez garder cette séquence et l’arbre, mais faites bien des précautions dans votre discussion et discutez bien les limites de votre conclusion. Une bonne discussion d’un arbre imparfait peut avoir la même valeur qu’analyse d’un arbre facile.

Bon courage,
Emese Meglecz