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Rédaction |
Lucien
20 Mar 2019 19:31
Contribution non évaluée |
Bonjour,
faut-il laisser une trace de toutes les tentatives que nous entreprenons ou seulement mettre "ce qui a marché" finalement ?
Par ex. j'ai fait diverses tentatives pour enraciner correctement et placer mon ORF, mais au final j'ai élargi n'ayant pas d'autres possibilités.
Dois-je montrer que j'ai entrepris diverses méthodes avant de me raviser ?
Dans la partie Tree, pour le moment, je montre 3 arbres. Seul le dernier a pour moi un peu de sens (il y a toujours beaucoup de mélange entre Beta et GammaPB. Mais la monophylie des Alpha est conservée, c'est mon groupe d'étude.
Il y a auvait beaucoup d'erreur dans mes meilleurs hits. Par ailleurs, il me semble que l'appelation "candidatus" devrait être rangé dans les uncultured et non montré dans les résultats (un candidat étant par définition non-cultivé, ne faisant partie d'aucune collection). N'est-ce pas ?
Merci d'avance.
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Meglecz18CTES
21 Mar 2019 16:38
Maître de jeu |
Bonjour Lucien,
De règle générale, vous pouvez laisser vos arbres d’essais chacun avec des explications très réduites.
Néanmoins
• indiquez clairement quel est l’arbre que vous acceptez à la fin
• gardez qu’un seul arbre par JDD (il n’y a pas de sens de mettre les arbres enracinés différemment pour le même JDD)
• assurerez-vous que vos arbres sont correctement enracinés sinon, vous allez prendre des points pour un arbre que vous n’utilisez pas vraiment
• gardez que des arbres que vous jugez essentiels pour illustrer la logique de votre recherche.
Dans votre cas particulier :
• Arbre 1 est mal enraciné. Il est tout à fait possible de placer la racine entre les Rickettsiales (selo annotathon) et les autres séquences et il devient utilisable.
• Je n’ai pas bien compris le choix de groupe d’étude pour l’arbre 2
• L’arbre 3 est bien utilisable, mais mal-enraciné. Vous avez 2 séquences d'alpha qui est dans la même branche que les beta et gamma.
Le mélange entre différents sous-groupes de groupe extérieur n’est pas très grave de point de vue de l’annotation de l’ORF. Si les séquences de groupe d’étude et groupe extérieures sont bien séparées, on peut conclure que l’ORF vient de groupes d’étude.
Candidatus dans un nom latin montre une incertitude (http://www.bacterio.net/-candidatus.html ). Dans la lignée ‘Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Holosporales;Candidatus Paracaedibacteraceae; Candidatus Odyssella
l’ordre de Holosporales est bien établi, mais le nom de la famille (Candidatus Paracaedibacteraceae) et genre (Candidatus Odyssella) ne sont pas formellement décrits.
Bon travail,
Emese Meglecz
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Lucien
21 Mar 2019 17:11
Contribution non évaluée |
Merci de votre réponse.
Soit je n'ai pas compris comment enraciner soit il y a un soucis.
Lorsque j'essaie d'enraciner Rickesttsies contre le reste, j'ai ce message :
ERROR: Outgroup's LCA is tree's root - cannot reroot. Try -l.
J'essaie de cette manière ci par ex. :
BPAR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales BPARRA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
http://annotathon.org/outils/nw_utils.php
((((((BPARRN1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.265018,
(BPAMMM1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Minwuiales_M:0.135387,
BPASSS1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Sneathiellal:0.096848)
0.997000:0.139431)0.868000:0.040554,
(BPARAZ1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.206404,
BPARuR1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.177432)
0.471000:0.035999)0.432000:0.042631,
BPARRA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodospirill:0.133145)
0.160000:0.062287,
(((BPARHH1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodobactera:0.208204,
BPARP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhizobiales_P:0.177138)
0.722000:0.062335,
((BPACu1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Caulobacteral:0.197147,
BPACCC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Caulobactera:0.075731)
0.999000:0.152478,
((BPAKKK1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Kiloniellale:0.189158,
(BPARPM1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhizobiales:0.164949,
BPA1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_E-value=3e-113:0.348017)
0.734000:0.080391)0.879000:0.061927,
(BPASSS3_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Sphingomonad:0.061125,
BPASSS2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Sphingomonad:0.136174)
1.000000:0.202642)0.858000:0.067527)0.173000:0.012924)0.961000:0.060359,
(((BPAP1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Polymorphum_E-:0.111128,
BPARRL1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodobactera:0.124731)
0.147000:0.023796,
BPARC2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhizobiales_C:0.131188)
0.868000:0.037034,
BPARRN2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rhodobactera:0.163175)
0.971000:0.076345)0.672000:0.049510)0.449000:0.067779,
((BPARH2_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rickettsiales:0.065414,
BPARC1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rickettsiales:0.063401)
0.974000:0.095651,
BPARH1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rickettsiales:0.180730)
0.967000:0.145159)1.000000:0.518238,
BPAR1_Bacteria_Proteobacteria_Alphaproteobacteria_Rickettsiales:0.058053,
OMRGCv2_8143040_Translation_1-933_indirect_strand:0.096241);
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Lucien
21 Mar 2019 17:54
Contribution non évaluée |
Pour l'arbre 2/3, j'étais en train de faire des modifs, vous avez certainement lu lorsqu'il y avait un manque. A ce niveau il y a deux arbres, le 2/3 et le 2/3bis qui expliquent 2 tentatives :
- enlever la séquence métagénomique (TMED) erronée et considérer le groupe d'étude comme Rickettsies (=Holosporales).
- enlever les séqu. des 4 Ricksettsies. Le groupe d'étude devient alors Rhodospirillales (mais on est là plus dans un essai et c'est bien pour cela que j'écrivais ce email pour savoir si l'on doit retranscrire l'intégralité de nos tentatives ; ou si c'est trop détailler.
En ce qui concerne, les séquences des Rickettsies, j'ai bien compris que l'ordre est bien établie (du moins celui des Holosporales visiblement). Mais comme elles ne sont que 3, ça fait peu. Et même en les réintégrant (ce que je vais certainement faire au final), ma séquence d'étude n'en devient pas plus une Ricketsies. Mon ORF s'integre bien dans AlphaPB, mais semble un groupe extérieur de tout ce groupe.
+--------------+ BPASSS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sneathiellal
|
+--+ 0.824000-------+ BPARAZ1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| +--+ 0.830000
| +------------------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|
| +----------+ BPARRL1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
+--+ 0.913000--+ 0.940000
| | +---+ 0.959000--+ BPARC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-C
| | | |
| | | +---------+ BPARRP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | |
| | | +--------------+ BPACC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Caulobacteral
| +----+ 0.956000-+ 0.375000
| | +---+ 0.837000--------+ BPARHH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | | |
++ 0.065000 | +------------+ BPARP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-P
|| +---+ 0.865000
|| | +----------------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale
|| | |
|| +---+ 0.383000 +----+ BPASSS3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingom
|| +----------------+ 1.000000
|| +-------+ BPASSS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphin
+---+|0.910000
| || +-----+ BPARRA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |+----+ 0.943000
| | +----------+ BPARRA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |
| | +-----+ BPARRC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
+--+ 0.011000.961000
| | +-----------+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |
| | +----+ BPARH2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
+-----------+ 0.993000 +------+ 0.985000
| | +-----------+ 1.000000--+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
| | |
| | +------------+ BPARH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
+-+ 0.470000 |
| | +------------------------------------------+ OMRGCv2-8143040-Translation-1-933-indirect-strand
| |
| +------------------+ BPGOHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril
=|
| +----------+ BPBRRT1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales
| +----+ 0.737000
| | +------------+ BPBNNV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Neisseriales
| |
+-+ 0.128000----------+ BPGASS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada
| |
+--+ 0.853000+ BPBBX1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiale
| |
| | +------+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
+--+ 0.338000 0.997000
| | +----------+ BPGXXS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
+-+ 0.985000
| +-----+ BPBBCV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| |
+---+ 0.979000BBCC2-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
+----+
++ BPBBCC1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
|-------------|-------------|-------------|------------|--------
0 0.2 0.4 0.6 0.8
substitutions/site
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Lucien
21 Mar 2019 18:24
Contribution non évaluée |
Remplacez "s'integre bien" par "forme un groupe monophyletique avec".
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Meglecz18CTES
21 Mar 2019 18:33
Maître de jeu |
Bonjour Lucien,
Quand vous voulez utiliser l’outil d’Annotathon pour enraciner l’arbre, il faut choisir 2 séquences qui ‘délimitent’ soit le groupe d’étude, soit le groupe extérieur. Un de ces deux groupes inclut la racine actuelle (dans votre ARBRE1 c’est le groupe d’étude) et cet outil ne marche pas bien si vous essayez d’utiliser ce groupe. Choisissez plutôt le nœud qui regroupe toutes les séquences de groupe extérieur et donnez l’identifiant d’une séquence de part et d’autre de ce nœud. Idem pour l'arbre3. Dites-moi, si ça ne marche pas.
Donc si vous enracinez correctement l’arbre 1, Arbre2 (et 2bis) devient peu utile. Évitez de donner trop d’arbres. Dans votre, vous en sortirez très bien soit uniquement avec l’arbre 1 soit avec 1 + 3, car vous avez raison, il y a peu des séquences Rickettsiales/ [Holosporales] et en plus il y a doute sur leur appartenance taxonomique.
Emese Meglecz
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Lucien
21 Mar 2019 18:57
Contribution non évaluée |
J'ai essayé mais non, ça ne veut pas "integrer" la séquence.
Par curiosité, j'ai testé la séquence contre tous les vivant, et étonnemement j'ai ceci (il occupe la place qu'occupe normalement les Archées) :
+-+ EMCCVE2-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Craniata-Vertebrata-Euteleost
|
+----++0.995000E1-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Craniata-Vertebrata-Euteleost
| ++ 0.079000
+-+ 0.330000 EMCCVE3-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Craniata-Vertebrata-Euteleost
| |
+-----+ 0.976000EMCCVE4-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Craniata-Vertebrata-Euteleost
| |
+---+ 0.924000----+ EMCCVC1-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Craniata-Vertebrata-Chondrich
| |
+----------+ 0.993000-----------------+ EMCTAE1-Eukaryota-Metazoa-Chordata-Tunicata-Ascidiacea-Enterogon
| |
+-+ 0.614000 +-------------+ EMCAHA1-Eukaryota-Metazoa-Cnidaria-Anthozoa-Hexacorallia-Actinia
| |
| +--------------------------------------+ OMRGCv2-8143040-Translation-1-933-indirect-strand
|
| +--------+ BPBBX1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiale
| |
| | +-----+ BPBBCC1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| +---+ 0.927000
| | | +---+ 0.980000BFFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F
| | | | +-----+ 0.996000
| | +-+ 0.687000++ BPBBCV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| | |
=| +-----+ 0.853000 +-----+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
| | | +------+ 0.998000
| | | +----------+ BPGXXS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
| | |
| +-----------+ 0.999000 +-----------+ BPBNNV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Neisseriales
| | | +----+ 0.487000
| | | +---------+ BPBRRT1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales
| | |
| | +-----------------+ BPGOHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril
| |
| | +----+ BPARH2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
| | +------+ 0.986000
+-+ 0.630000-----+ 0.999000--+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
| | |
| | +------------+ BPARH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales
| |
| | +----+ BPARRC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | +---+ 0.885000
| | +-+ 0.874000-------+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | | |
+--+ 0.759000--------+ BCOL1-Bacteria-Cyanobacteria-Oscillatoriales-Leptolyngbya-E-valu
| ++ 0.317000
| || +------+ BPARRA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |+---+ 0.924000
| | +---------+ BPARRA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |
| | +-------------+ BPARAZ1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | +-+ 0.313000
+--+ 0.576000952000----------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | |
| | +---------------+ BPASSS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sneathiellal
| |
| | +---------+ BPARRL1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | +-+ 0.520000
| | | +--------+ BPARC2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-C
| | +-+ 0.898000
+-+ 0.891000 | +-------+ BPASSS3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
| | +------------------+ 1.000000
| +----+ 0.957000 +------+ BPASSS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
| | |
| | +---------+ BPARRP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| |
| | +-------------+ BPACC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Caulobacteral
+---+ 0.941000+ 0.517000
| +---+ 0.948000---------+ BPARHH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | |
| | +-------------+ BPARP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-P
| |
+--+ 0.975000------------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale
| |
| | +------+ EVSETS1-Eukaryota-Viridiplantae-Streptophyta-Embryophyta-Tracheo
+----+ 0.273000869000
| | +-------+ BAAASS1-Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteridae-Actinomycetales
+-+ 0.930000
| +-------------------+ BARSPP1-Bacteria-Actinobacteria-Rubrobacteridae-Solirubrobactera
| |
+-----+ 1.000000 ++ BAAAMB1-Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteridae-Actinomycetales
| |
+-------------------++0.0980003-Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteridae-Actinomycetales
++
+-+ BAAAMB2-Bacteria-Actinobacteria-Actinobacteridae-Actinomycetales
|----------------|-----------------|----------------|-
0 0.25 0.5 0.75
substitutions/site
|
Lucien
21 Mar 2019 18:58
Contribution non évaluée |
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Meglecz18CTES
23 Mar 2019 15:18
Maître de jeu |
Bonjour Lucien,
Essayez d’utiliser les séquences suivantes pour l’enraciner l’arbre 1 :
BPARRN2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
Votre dernier arbre est perturbant, en effet, mais les nœuds profonds sont mal soutenus, donc ils n’ont pas beaucoup de valeur. Je ne tenterais pas de tirer une conclusion de cet arbre. Si l’idée d’OVNI est très attirante, c’est très peu soutenu :)
Bon travail,
Emese Meglecz
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Lucien
25 Mar 2019 22:03
Contribution non évaluée |
Merci infiniment, en effet, cela fonctionne bien.
Par contre pour l'arbre 2 (Alpha contre Gamma+Beta), je ne vois pas comment arriver à un tel résultat.
Je ne comprends pas vraiment pourquoi il faut d'ailleurs arriver à quelque chose de similaire à l'arbre du vivant puisqu'on travaille sur un gene qui n'est peut etre pas représentatif de l'évolution (ce n'est pas le 16S), donc avoir quelques alpha en position basale d'une branche beta+gamma n'a rien d'incohérent. J'ai l'impression qu'on manipule un peu la représentation graphique pour coller à un arbre du vivant - avec plus ou moins de réalité...
Un autre exemple d'arbre :
+--+ BPARRA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|
| +--------+ BPARRA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| |
| | ++ BPBBCC2-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| | +---+ 0.980000
| | +---+ 0.984000BCC1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
=| | | |
| | | +----+ BPBBCV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| | +-+ 0.354000
| | | | +-----+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
| | +-+ 0.7970000.993000
| | | | +----------+ BPGXXS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
+--+ 0.609000 | |
| +-+ 0.452000 BPBBX1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiale
| | |
| +---+ 0.000000--------+ BPGASS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada
| | |
| | | +---------+ BPBRRT1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales
| +--------------+ 1.000000.790000
| | | +-----------+ BPBNNV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Neisseriales
| | |
| | +-----------------+ BPGOHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril
| |
+--+ 0.323000+ BPARRC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|+---+ 0.961000
|| +---------+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
||
|| +-----------+ BPARAZ1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|| +--+ 0.881000
++ 0.953000799000----------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | |
| | +-------------+ BPASSS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sneathiellal
| |
| | +--------------------------------------+ OMRGCv2-8143040-Translation-1-933-indirect-strand
+---+ 0.229000
| | +---------+ BPARRL1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | +--+ 0.938000
| | +---+ 0.980000+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-C
+--+ 0.171000
| | +--------+ BPARRP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| |
| | +---------------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale
+-+ 0.511000
| +--+ 0.231000----------+ BPACC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Caulobacteral
| | | +-+ 0.089000
| | +--+ 0.938000------+ BPARHH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | |
+-+ 1.000000--------+ BPARP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-P
|
| +-----+ BPASSS3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
+---------------+
+------+ BPASSS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
|
Lucien
25 Mar 2019 22:08
Contribution non évaluée |
En plaçant l'arbre autour de : BPARRA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill BPBBCV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
+-+ BPBBCC2-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
+---+ 0.980000
+----+ 0.984000BBCC1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
| |
| +-----+ BPBBCV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderial
++ 0.354000
|| +------+ BPGXXX1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
+--++0.797000 0.993000
| | +----------+ BPGXXS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Xanthomonada
| |
+--+ 0.452000-+ BPBBX1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Burkholderiale
| |
+---+ 0.000000-----------+ BPGASS1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Alteromonada
| |
| | +---------+ BPBRRT1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Rhodocyclales
+----------------+ 1.000000 0.790000
| | +------------+ BPBNNV1-Bacteria-Proteobacteria-Betaproteobacteria-Neisseriales
| |
++ 0.323000 +-------------------+ BPGOHH1-Bacteria-Proteobacteria-Gammaproteobacteria-Oceanospiril
||
|| +------+ BPARRA1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|+--+ 0.609000
| +----------+ BPARRA2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|
=| +-----+ BPARRC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|+---+ 0.961000
|| +-----------+ BPARRT1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
||
|| +-------------+ BPARAZ1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
|| +--+ 0.881000
++ 0.953000.799000------------+ BPARRN1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodospirill
| | |
| | +--------------+ BPASSS1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sneathiellal
| |
| | +--------------------------------------------+ OMRGCv2-8143040-Translation-1-933-indirect-strand
+---+ 0.229000
| | +----------+ BPARRL1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | +---+ 0.938000
| | +---+ 0.980000--+ BPARC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-C
+--+ 0.171000
| | +---------+ BPARRP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| |
| | +-----------------+ BPAKKK1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Kiloniellale
+--+ 0.511000
| +-+ 0.231000-------------+ BPACC1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Caulobacteral
| | | +--+ 0.089000
| | +---+ 0.938000--------+ BPARHH1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhodobactera
| | |
+--+ 1.000000----------+ BPARP1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rhizobiales-P
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| +------+ BPASSS3-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
+----------------+
+-------+ BPASSS2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Sphingomonad
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0 0.25 0.5 0.75
substitutions/site
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Meglecz18CTES
26 Mar 2019 17:35
Maître de jeu |
Bonjour Lucien,
Vous pouvez bel et bien enraciner correctement les arbres ci-dessus.
• Prenez le groupe de B + G, car la racine ne se trouve pas dans ce groupe actuellement.
• Trouver le nœud le plus profond de la branche B+G.
• Trouver les deux branches qui descendent de ce nœud
• Prenez une séquence de chacune de ces deux branches pour enraciner l’arbre
Si ça ne va pas, re-regardez la vidéo sur la phylogénie (entre 5 et 8 minutes).
https://amupod.univ-amu.fr/video/2352-construction-de-larbre-phylogenetique/
En effet quand on utilise une seule protéine pour construire l’arbre phylogénique, l’arbre (correctement construite) va refléter l’évolution de cette protéine et pas nécessairement de celui des espèces. Par exemple s’il y a des transferts horizontaux, l’arbre ne va surement pas refléter de la phylogénie des espèces. Néanmoins, même si l’information contenue dans une seule protéine est très incomplète par rapport à la totalité des génomes, en absence de HTG et des problèmes techniques (trop/pas assez de variabilité, mauvaises alignement, etc.), on attend que l’arbre construit ressemble à celui des espèces.
Pour enraciner l’arbre, on est obligés de faire un choix. La meilleure base qui me semble, c'est la phylogénie telle que l’on connait…. Mais vous avez raison, ce n’est pas toujours correct.
Bonne soirée,
Emese Meglecz
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Lucien
27 Mar 2019 10:20
Contribution non évaluée |
bonjour et merci beaucoup,
je pense que j'ai compris ainsi.
Bien cordialement.
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