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Arbre phylogénique pas vraiment distinctif |
P-AL
13 Mar 2019 21:26
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'ai suivi toutes les démarches, avec un ORF qui répondait à tous les critères, puis de nombreuses séquences homologues, mais une fois arrivé à l'arbre phylogénétique, je n'arrive pas à l'enraciner pour qu'on distingue bien groupe extérieur (tous les Bacteroidetes sauf Falvobacteriia) et groupe d'étude (Flavobacteriia). J'ai sélectionné que 20 séquences du groupe d'étude et une douzaine du groupe extérieur. J'en avais davantage au début mais après retrait des moins pertinentes, cela ne rend pas mon arbre beaucoup plus clair.
Je me retrouve avec des membres du groupe d'étude pas séparés clairement du groupe extérieur. Non seulement je ne comprends pas pourquoi, mais surtout je me demande ce que je dois faire. Chercher une autre racine? Changer de groupe extérieur / d'étude? Changer complètement de séquence à étudier?
En vous remerciant,
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Meglecz18CTES
14 Mar 2019 14:27
Maître de jeu |
Bonjour Pascal,
En effet dans votre arbre, on ne peut pas placer la racine entre le groupe d’étude et extérieur.
Vous avez deux options.
Vous pouvez continuer avec cet arbre et vous pouvez emmètre une hypothèse sur la provenance de l’ORF, mais cette hypothèse aura une faible valeur, car bien que l’ORF se trouve dans une branche bien entourée des Flavobacteriia, certaines séquences groupe d’études ce retrouvent également regroupées avec des groupes d’études.
Il n’y a pas de bonne manière d’enraciner votre arbre actuel, mais vous pouvez quand même amélioriez la position de la racine : Placez la racine soit entre les Bacteroidia et les autres, soit entre (Sphingobacteriia + Cytophagia) et les autres.
L’option la plus sage (c'est de loin ma préférence) sera d’élargir votre groupe d’étude, en espérant de pouvoir séparer des différents phyla.
Les raisons pour lequel les groupes ne se séparent pas dans un arbre phylogénétique peuvent être multiples. Vous trouvez deux explications potentielles dans l’envoi 3 que j’ai mis en ligne il y a deux jours.
Si les séquences sont trop ou pas assez variables, l’arbre obtenu ne va pas nécessairement refléter l’évolution non plus.
Bon travail,
Emese Meglecz
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isis
16 Mar 2019 10:48
Contribution non évaluée |
Bonjour, je poste un message sur le même thème. Mon arbre à priori est bien séparé en deux groupes mais il y a juste une séquence de mon groupe d'étude qui se trouve perdu dans mon groupe extèrieur. Je n'arrive donc pas à savoir si mon arbre est correct ou si il faut que je le reprenne.
Pascal, as tu trouvé une solution pour ton arbre ou as tu recommencé avec une autre séquence?
Bonne journée.
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Krystel
16 Mar 2019 11:04
Contribution non évaluée |
Salut isis je suis aussi dans ton cas, j'ai regardé la nouvelle vidéo sur les erreurs, peut être devrais-tu la regarder si cela n'est pas déjà fait ? Tu pourrais trouver une explication à cette sequence.
bon courage
christelle
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isis
16 Mar 2019 13:26
Contribution non évaluée |
Bonjour Christelle, Je vais la regarder je pense dans l'apres midi. Tu as réussit du coup grace à la vidéo à t'en sortir?
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Krystel
16 Mar 2019 14:20
Contribution non évaluée |
Oui je crois, si j'ai bien tout compris ! J'ai encore un petit doute car lorsque je compare la séquence de mon arbre avec celle qui a servie de référence pour l'annotation, le pourcentage d'identité n'est pas très élévé (mais le % query cover oui).
Tu pourras peut être me donner ton avis quand tu auras vue la vidéo et testé pour ton arbre !
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isis
16 Mar 2019 15:43
Contribution non évaluée |
Oui avec plaisir, c'est vrai que ce n'est pas évident, tout ne se fait pas comme on le voudrait
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Meglecz18CTES
16 Mar 2019 18:49
Maître de jeu |
Bonjour Christelle et Isis,
En effet les vidéos de l’envoi3 devraient vous aider.
Souvent il n’est pas possible d’obtenir un arbre qui sépare parfaitement des groupes d’études et extérieur.
Si la majorité des séquences de groupe d’étude et de groupe extérieur sont séparées et les valeurs de booststraps des nœuds profonds (près de la racine) sont raisonnables (> 0.7), alors vous pouvez travailler avec l’arbre.
Si les séquences des groupes d’étude et extérieure sont très fortement mélangés ET/OU les valeurs de booststraps des nœuds profonds (près de la racine) sont faibles, on ne peut pas déterminer la provenance de l’ORF, même pas approximativement. Dans ce cas, il faut peut-être changer le groupe d’étude (le plus souvent élargir). Si cela n’améliore pas la situation, il faut peut-être changer la séquence.
Ce que vous faites n’est pas simple, car vous travaillez avec de vraies séquences, et pas avec des exemples soigneusement choisis et simplifiés. Le but de l’opération sera de pouvoir appliquer vos connaissances dans les situations réelles.
Bon courage,
Emese Meglecz
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Krystel
16 Mar 2019 20:05
Contribution non évaluée |
Merci beaucoup pour votre message qui va bien nous aider ! (cela confirme mon travail j'avais peur de devoir tout recommencer avec un autre fragment mais les nouvelles vidéos m'ont beaucoup aidée )
C'est difficile mais on se fait la main, et personnellement je trouve ça passionnant aussi
Bonne soirée
Christelle
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P-AL
19 Mar 2019 18:27
Contribution non évaluée |
Bonjour isis,
Non je n'ai pas réussi, j'ai trop de disparité dans mon arbre même avec les vidéos de l'envoi 3 ou en "remontant" mon groupe d'étude, j'ai TOUJOURS des taxa qui se glissent. Je vais devoir recommencer avec une autre séquence...
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Krystel
20 Mar 2019 8:00
Contribution non évaluée |
Salut P-AL as-tu essayé ton arbre avec : groupe d'étude : Bacteroidetes ; groupe extérieur : proteobacteria ?
As-tu essayer de modifier un peu la racine de ton arbre sur newick tree manipulation ?
Bon courage
Christelle
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Meglecz18CTES
21 Mar 2019 16:34
Maître de jeu |
Bonjour Pascal,
Quand vous dites "remontant" mon groupe d'étude, vous voulez dire que vous avez choisi le Bacteroidetes comme groupe d’étude ? Je ne vois pas de trace de cet arbre, pourtant l’idée me semble bien.
Petite remarque pour Christelle :
Si le groupe d’étude est des Bacteroidetes alors le groupe extérieur n’est pas proteobacteria… Mais l’idée de base, pour choisir le Bacteroidetes comme groupe d’étude, me semble bien.
Bon travail,
Emese Meglecz
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Meglecz18CTES
21 Mar 2019 16:36
Maître de jeu |
Bonjour Lucien,
De règle générale, vous pouvez laisser vos arbres d’essais chacun avec des explications très réduites.
Néanmoins
• indiquez clairement quel est l’arbre que vous acceptez à la fin
• gardez qu’un seul arbre par JDD (il n’y a pas de sens de mettre les arbres enracinés différemment pour le même JDD)
• assurerez-vous que vos arbres sont correctement enracinés sinon, vous allez prendre des points pour un arbre que vous n’utilisez pas vraiment
• gardez que des arbres que vous jugez essentiels pour illustrer la logique de votre recherche.
Dans votre cas particulier :
• Arbre 1 est mal enraciné. Il est tout à fait possible de placer la racine entre les Rickettsiales (selo annotathon) et les autres séquences et il devient utilisable.
• Je n’ai pas bien compris le choix de groupe d’étude pour l’arbre 2
• L’arbre 3 est bien utilisable, mais mal-enraciné. Vous avez 2 séquences d'alpha qui est dans la même branche que les beta et gamma.
Le mélange entre différents sous-groupes de groupe extérieur n’est pas très grave de point de vue de l’annotation de l’ORF. Si les séquences de groupe d’étude et groupe extérieures sont bien séparées, on peut conclure que l’ORF vient de groupes d’étude.
Candidatus dans un nom latin montre une incertitude (http://www.bacterio.net/-candidatus.html ). Dans la lignée ‘Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Holosporales;Candidatus Paracaedibacteraceae; Candidatus Odyssella
l’ordre de Holosporales est bien établi, mais le nom de la famille (Candidatus Paracaedibacteraceae) et genre (Candidatus Odyssella) ne sont pas formellement décrits.
Bon travail,
Emese Meglecz
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Meglecz18CTES
21 Mar 2019 16:38
Maître de jeu |
Désolée,
J’ai collé ma réponse dans le mauvais fil de discussion.
Emese Meglecz
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Krystel
22 Mar 2019 9:39
Contribution non évaluée |
oups désolé pour cette boulette, j'espère n'avoir induit personne en erreur !
Bonne journée
Christelle
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isis
22 Mar 2019 17:46
Contribution non évaluée |
J'ai fais un deuxième test pour mon arbre . Mon groupe d'étude et bien regroupé mais pas séparé clairement de mon groupe extérieur. Les valeurs de ms noeuds sont en général supérieure à 0,7 sauf dans qq cas.
je vous met mon arbre ; j'ai choisit en groupe d'étude les
Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial et le groupe extérieur les autres
Bacteria-Bacteroidetes.
+--------------+ BBFFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F
+----+ 0.922000
+---+ 0.762000---------------+ BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F
| |
| +---------------+ BBCCCF1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cytophaga
++ 0.325000
|| +------------------------+ BBCCCC1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-Cytophaga
|+----+ 0.820000
| +-----------------------------------+ OMRGCv2-8096060-Translation-378-1373-direct-strand
|
| +---------+ BBFFFM1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F
| +------+ 0.983000
|+--+ 0.571000-----+ BBFFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl
|| |
=|| +----------------+ BBCC1-Bacteria-Bacteroidetes-Cytophagia-Cytophagales-E-value4e-
||
|| +-----------+ BBBBMA1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Marinil
|| |
|| | +--+ BBSSSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
|| +-+ 0.645000 ++ 0.730000
|| | | +-------++0.994000SS4-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
|| | | | |
|| | +----------+ 1.000000 BBSSSS3-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
|| | |
++ 0.892000 +------+ BBSSSS2-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| |
| | +-----+ BBSSCA1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| | +----+ 0.829000
| +--+ 0.797000 | +--------------+ BBSSCN1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| | | |
| | | +-----+ 0.977000 BBSSCF1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| | | | | |
| | | | +-+ 0.226000+ BBSS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacteriales
| | | | |+-+ 0.201000
| | | +------+ 0.931000 0.835000---+ BBSSCN2-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| | | | | |
+---+ 0.627000 | +---------------+ BBS1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-E-value1e-50-Bacte
| +-+ 0.791000
| | +----------------+ BBSSCT1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
| |
| +------------------+ BBSSSL1-Bacteria-Bacteroidetes-Sphingobacteriia-Sphingobacterial
|
| +----------------+ BBBBPP1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Porphyr
| |
+-+ 1.000000 +---+ BBBBRA2-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Rikenel
+-----------------+
+-----+ BBBBRA1-Bacteria-Bacteroidetes-Bacteroidia-Bacteroidales-Rikenel
|----------|---------|----------|---------|-
Mon arbre est t'il utilisable?
Bonne journée Isis
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Meglecz18CTES
23 Mar 2019 15:54
Maître de jeu |
Bonjour Isis,
Il n’est pas possible de complètement séparer le groupe d’étude et extérieur dans votre arbre. De plus, l’ORF se trouve dans le groupe extérieur. Ceci me suggère qu’il faudrait élargir votre groupe d’étude.
Si le problème persiste, reposez votre question à partir de votre séquence. Je dois voir les autres analyses de vous aider davantage.
Bon travail,
Emese Meglecz
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