Bonjour,

J'ai un soucis  !

Lorsque je mets MFS transporter dans QuickGO, je trouve en premier l'expression : (+)-Menthofuran Synthase Activity.

Lorsque je clique dessus, il n'y a aucune de leurs propositions synonymes que je retrouve dans ma liste d'homologues.

Par contre, régulièrement, je retrouve dans la liste Major Facilitator Superfamily (MFS) transporter.

Du coup, je me demande si le MFS transporter que j'ai en premier et qui a de nombreux homologues (4671/5000) ne serait pas synonyme de Major Facilitator Superfamily, plutôt que d'être le synonyme de Menthofuran Synthase ? Et donc que la quasi totalité des autres homologues sont synonymes ?

Bien à tous !

Laetitia.

Bonjour Laetitia,
Votre raisonnement me semble bien.
Vous pouvez également chercher des annotations fonctionnelles un peu plus détaillées de SwissProt ou même dans les fiches de certains homologues dans nr.
Bon travail,
Emese Meglecz

Merci Madame !

Du coup, comme le QuickGO n'a pas été très concluant, à mon sens, puis-je justifier le fait que les homologues trouvés sont synonymes, par ce que j'ai trouvé dans la pièce jointe ci-dessus (la 1ère). Elle est issue de BLASTp contre NR. Lorsque nous avons les résultats de recherches d'homologues, nous avons des lignes de couleur et juste au dessus un schéma avec des flèches indiquant la localisation de la protéine trouvée. J'ai cliqué sur cette flèche et ai obtenu le doc que j'ai mis en pièce jointe.

Qu'est-ce que vous entendez par "annotations fonctionnelles un peu plus détaillées" ?

Bien à vous !

Laetitia.

La fiche de protéine le plus proche est une bonne référence, mais ne jetez pas la pierre trop rapidement sur QuickGO.
Je ne pense pas que l’orde des termes est très important. (QuickGO fait une recherche par mot de clé). Certes le premier terme est (+)-menthofuran synthase activity, mais il n’a que 6 annotations… à comparer avec le presque 12 millions de transporter activity.

Annotations fonctionnelles un peu plus détaillées : Décrivez brièvement la fonction de la protéine. Ne vous contentez pas à donner un nom à la fonction.

Emese Meglecz