Bonjour Mme WIRTH,

Je poste ce message sur le forum car nous obtenons de bon résultats avec le premier ORF du brin reverse pour la recherche de domaines protéiques conservés ainsi que pour la recherche d'homologues contre la banque de données nr. Seulement, nous n'obtenons que 6 homologues contre Swiss Prot et nous avons beaucoup de chevauchements d'e-valeurs dans notre rapport taxonomique. Pouvons-nous continuer l'annotation de la séquence avec cet ORF ? 

--------------------------------------------

Merci d'avance, 

Cordialement, 

Hugo MARTIN

Bonjour,

le choix de la séquence ayant été modifié, je réponds sur le nb d'homologues dans Swissprot :

La présence d'homologues dans Swissprot fait partie des critères de sélection de la séquence à annoter, car il vous faut pouvoir discuter la fonction de votre protéine putative / aux homologues présents dans Swissprot.

Le nb d'homologues présents dans cette base de données importe peu.

Il faut DES homologues de même fonction (afin de pouvoir discuter la fonction / à ces homologues). Il en faut donc au moins deux (c'est mieux).

Bon travail,

BW