Bonsoir,

D'après BLAST, je pense que l'ORF 1 de mon fragment rempli les critères pour faire la suite de l'analyse, mais ses deux extrémités sont incomplètes, est-ce que cela pose soucis ? Dans les vidéos je crois que vous ne dîtes pas si cela est éliminatoire ou non si l'ORF rempli les critères dans la recherche d'homologie ( taille suffisante, fonction connu, identité inférieur à 90 %)

Merci

Bonne soirée

christelle Gobet

Salut Krystel !

Tu n'as pas de codon STOP car tu es à moins 2 aa de la fin de ta séquence. Comme les séquences ont été coupées aléatoirement, le dernier aa qui manque pour faire un dernier codon est peut-être celui qui détermine le STOP. Pour l'ORF incomplet en 5', c'est certainement parce que la séquence codante commence avant la coupure aléatoire.

Du coup, je ne pense pas que ça pose problème, en plus de quoi il est signalé comme "known". Donc peu de risque que tu avance "inutilement" !

Bien à toi !

Laetitia

MEA CULPA ! J'ai confondu aa et nucléotides. Donc faut lire : "tu es à moins de 2 nucléotides de la fin de ta séquence" ... "le dernier nucléotide qui manquepour faire un dernier codon"

Désolé !

Réponse approuvée :) Merci Laetitia!

Emese Meglecz

Bonjour, 

Merci pour vos réponses ! Je peux donc continuer le travail avec ce fragment ? 

Cordialement,

Christelle 

Oui! Sans problème.