Bonjour,
En effet l'ORF présente dans l'alignement multiple ce qui ressemble à une longue extension N-terminale, or tous les homologues semblent commencer dans une même région très en aval de l'ORF. Ceci laisse supposer que l'ORF devrait aussi commencer dans la même région que les homologues, n'oubliez pas que vous avez fait une recherche en mode "any codon" et qu'il faut donc toujours chercher à repérer où se situe le véritable début de l'ORF (qui n'est pas - ou en tout cas rarement - le premier codon qui suit le premier STOP en amont de l'ORF).
Aussi, traitez cette question spécifique du codon d'initiation de l'ORF dans la section "alignement multiple", car c'est ce résultat qui est le plus à même de renseigner sur sa position la plus probable. Dans la section ORF finder, faites juste un résumé sur les extrémités en renvoyant vers la section "alignement multiple" pour de plus amples détails.