Bonjour, 

Il se trouve que mes valeurs de bootstrap sur mes arbres en méthode BioNJ sont absentes contrairement aux arbres PhylML, je ne peux ainsi pas les comparer correctement. 

Merci de m'éclairer à ce sujet. 

Bonjour, les bootstraps ne s'affichent pas directement sur phylogeny.fr, pour les visualiser il faut aller dans l'outil pour raciner l'arbre (http://annotathon.org/outils/nw_utils.php ).
Evidemment ça implique d'avoir bien coché l'option "bootstraps" et précisé leur nombre avant de lancer BioNJ ;)

Oui en effet à la différence de PhyML, l'inférence par BioNJ ne produit pas par défaut d'estimations des robustesses des noeuds. La seule solution si vous souhaitez estimer ces robustesses avec BioNJ, c'est de changer lors de la soumission du calcul la valeur "Number of bootstraps" de zéro à 100 par exemple. Ce calcul est beaucoup plus lent (inférences répétées 100 fois), mais si vous n'avez pas trop de séquences pas trop longues, ça peut être faisable en un temps raisonnable. Cette variante de BioNJ avec boostraps est intéressante, mais pas obligatoire. Si vous choisissez de la faire, alors ne présentez/analysez qu'un seul arbre BioNJ dans vos annotations : celui avec les boostraps bien sûr :)

Trés bien , merci beaucoup je vais essayer ! 

Bonne fin de  journée :)