Bonsoir Madame,

J'ai recommencé la sélection de mon groupe externe. En allant ensuite sur Phylogénie, les séquences du Gblocks apparaissent "anormales". En effet, il y a plein d'espaces, des décalages... J'ai donc réessayé avec les anciennes sélections de mon groupe externe, avec lesquelles ça marchait auparavant. Mais ce n'est plus le cas (espaces, décalages). Pouvez donc me dire rapidement quoi faire? Est-ce que je continue avec mes anciennes sélections de séquences avec lesquelles j'ai déjà fait l'alignement multiple et les arbres ou contiuner en ne faisant pas l'analyse du gblocks ? ou autre...

Merci par avance pour votre réponse rapide car le temps presse et le travail est long...

Sandy GRANIER-MANA (sania)

Bonjour,
Si je vous ai mis de revoir la sélection des séquences, c'est qu'il y avait effectivement des choses à revoir.
Je viens de tester phylogeny.fr avec un lot de séq test, et Gblocks semble fonctionner correctement : je n'ai pas de souci de décalages, ni avant, ni après le copier-coller dans un document texte, ce qui revient au copier-coller dans les résultats bruts.

J'ai également refait tourner Gblocks à partir de votre alignement multiple au format Clustal dans les résultats bruts : là aussi, ça fonctionne, pas de décalages dans le résultats de Gblocks.

Lorsque vous copiez-collez le résultat de Gblocks, il faut le coller directement dans les résultats bruts. Ne faites pas de coller intermédiare dans un document word, qui lui peut entraîner des décalages... Est-ce que le problème pourrait être lié à cela ?

BW

Bonjour Madame,

Ayant toujours le même problème, j'ai changé d'ordinateur et là ça a marché ! 

Merci de votre réponse !

Bien cordialement,

Sandy