Bonjour,

vous nous avez écrit que le groupe externe n'est pas les eukaryotes et en effet il apparait que notre groupe d'intéret sont les alphaprotéobactéries ainsi selon la phylogénie de la vie et notre tax report il apparaitrait que ce sont les  zetaprotéobactéries qui constituraient notre groupe externe or il n'y en a qu'un seul dans notre tax report. Autrement nous avons des actino, flavo et eucakaryotes (en grand nombre pour eukaryote). Nous ne savons donc pas comment consituer la sélection des séquences.. 

en vous remerciant pour votre précédente réponse et le temps que vous accorderez à celle-ci, 

Cordialement, 

Pierre Vallantin et Rosalie Prat 

Bonjour, 

Il apparaît après blast contre nr avec comme paramètre "Archae" un seul homologue d'e-value non significative (0,8) et avec comme paramètre "Eukaryota" 11 dont 8 avec des e-values significatives (donc liées aux alphas (?)) et 3 avec des e-values non significatives.

A savoir que le lien qui existe entre les euca et les bactéries dans ce cas provient du fait que la protéine putative est impliquée dans le processus cellulaire de la respiration qui prend son siège dans la mitochondrie pour les eucaryotes, la mitochondrie étant connue comme résultant de la fusion d'une bactérie et d'une cellule eucaryote. 

 Ainsi il semble juste de faire une phylogénie avec comme groupe externe les autres bactéries uniquement avec donc très peu de séquences pour le groupe externe puisque : non-identifiée (5), Flavo (8), Zeta (1) et Actino (1). Et notre groupe d'intérêt serait ainsi les alphas. 

Merci pour vos réponses ! 


Pierre Vallantin et Rosalie Prat 

Bonsoir,

- "vous nous avez écrit que le groupe externe n'est pas les eukaryotes et en effet il apparait que notre groupe d'intéret sont les alphaprotéobactéries"

==> NON, votre groupe d'étude annoncé était juste.

- "Il apparaît après blast contre nr avec comme paramètre "Archae" un seul homologue d'e-value non significative (0,8) et avec comme paramètre "Eukaryota" 11 dont 8 avec des e-values significatives (donc liées aux alphas (?)) et 3 avec des e-values non significatives."

==> La remarque était pour vos collègues, je crois.

- "A savoir que le lien qui existe entre les euca et les bactéries dans ce cas provient du fait que la protéine putative est impliquée dans le processus cellulaire de la respiration qui prend son siège dans la mitochondrie pour les eucaryotes, la mitochondrie étant connue comme résultant de la fusion d'une bactérie et d'une cellule eucaryote."

==> TB, ATTENTION, c'est une endosymbiose.

ATTENTION, pour votre 2e séq, revoyez ce que vous aviez annoncé dans votre partie analyse des résultats du TaxReport, car c'était juste !

- "Le groupe des Rickettsiales a été choisi comme groupe d'étude..." => c'est le bon choix du groupe d'étude (il faut mieux le justifier), mais votre sélection de séq ne correspondait pas à cela.

- "Les autres alphaprotéobactéries ont été sélectionnées comme groupe extérieur..." => là aussi, c'est le bon choix du groupe externe (il faut le justifier), mais votre sélection de séq ne correspondanit pas à cela.

Bon travail,

BW