Bonjour,

On fait notre arbre avec tous les homologues (archée, bacterie, eucaryote), notre ORF sort avec les archées (Méthanomicrobia). On fait un arbre en choisissant le groupe d'archée les Methanomicrobia auquel il semble correspondre en groupe d'étude et Halobacterie en groupe extérieur mais l'ORF se positionne entre les deux groupes. Du coup on a décidé de prendre Halobacteria et Methanomicrobia en groupe d'étude et Archaeoglobales en groupe extérieur, on trouve toujours la même chose l'ORF se place entre les deux groupes. Donc on décide de faire un arbre avec tous les différents groupe d'Archae et un arbre avec tous les différents groupe de Bactérie (on ne sait jamais). De là on observe l'ORF au milieu de l'arbre des Archées avec un score de 0.88 mais également notre ORF possède un score de 0.77 dans l'arbre des Bactéries.

Que faire?

Merci d'avance!!

Bonjour,

Je ne suis pas sûr que le différentiel de qualité d'alignement (ici il est préférable de se concentrer sur les scores plutôt que les E-values qui sont si faibles qu'elles sont quelques fois arrondies à "0") justifie bien un choix si restreint de groupe d'étude? Ok un arbre avec les trois Arch/Bact/Euc est sûrement trop vaste, mais il y a un juste milieu... Par exemple avez-vous testé gr. étude Euryarcheotes versus grouep ext. Crenarcheotes? En tout cas, avec quoi avez-vous enracinés vos arbres "pures bactéries" et "pures archées"??? S'il sont mal/pas racinés, pas si étonnant que l'ORF semble "au milieu" des bact d'un côté et des archées de l'autre (où d'autre peut-elle se brancher cette ORF s'il n'y a rien d'autre?)... Ceci montre bien le risque qu'il y a de faire dire une chose et son contraire avec la phylogénie sin on n'y prend pas garde :)