Bonjour,

Lors de notre analyse pour la seconde séquence nous sommes confrontés à un cas particulier.

Nous avons sur notre brin indirect 2 ORFs qui pourraient coder pour des protéines, nous avons donc fait un blast de chacun et nous avons de très bons résultats : 5000 homologues pour chacun,

ORFB2 : 3e-119 à 6e-41 (moins bon pourcentage d'identité max : 75)

ORFB3 : 5e-93 à 2e-42 ( meilleur pourcentage d'identité max : 87)

Avec pour chacun une fonction qui ressort.

Notre problème est que l'ORFB2 est positionné  de 2 à 700 (se termine par un stop), et l'ORFB3 de 666 à 1166 et qu'ils sont sur des cadres de lectures différents.

Ils se superposent donc sur 34 aa.

On ne comprend pas cette situation, les 2 semblent être "KNOW".

On a donc besoin d'aide pour expliquer ce cas et ainsi choisir notre ORF d'étude.

Merci d'avance pour vos réponses.

Salut,

Si les deux genes ne se cheuvauchent que partiellement alors c'est tout a fait possible il me semble. Les deux sont des vrais positifs. Toute facon de tel evalue, ca ne ment pas. Choisi celui qui semble le plus interessant pour la suite.

Salut,

A noter que si ils se superposent de 666 à 700 c'est 34 nucléotides et pas 34 AA (donc, ça se superpose sur 11 AA, c'est beaucoup moins important).

Donc oui c'est possible que tu aies 2 ORF Knowns dans ton morceau de séquence métagénomique.
Pour le choix de ton ORF, n'oublie pas de prendre en compte sa taille, c'est assez important, là t'en a un de genre 700 nucléotides et un de 500 nucléotides, ça fait une différence non négligeable.

Dans tous les cas, justifie bien le choix d'ORF (nottament avec les critères évoqués dans les "Règles du jeu" partie Recherche d'ORFs).

Aussi dans les cas où tu as 5000+ homologues, n'hésite pas à faire un Blast avec SwissProt, tu auras moins de résultat et ce sera peut être plus facile à étudier.

Salut

je pense que chacun de vos 2 ORF mériterait une bonne analyse étant donné qu'ils remplissent toutes les conditions (taille assez convainquant, khown ,plus de 5000 homologues avec de bons E-value et des scores < 95%) pour être un géne codant .Et vu que l'ORFB2 a la plus grande taille et se termine par un codon stop( donc complét en 3' )il serait mieux de le choisir comme ORF d'étude .

Bonjour,

D'abord merci aux collègues qui ont apporté des réponses tout à fait pertinentes!

Je suis entièrement d'accord qu'un chevauchement de seulement une dizaine d'AA serait compatible avec deux ORF codants crédibles.
Comme cela a été dit, la qualité des alignements des deux ORF avec des protéines de NR confirme clairement l'option "deux ORF codants"!

Par contre ce qui n'a pas été mentionné, c'est la possibilité que le second ORFB3 ne commence pas réellement en 666, mais plutôt quelque part en aval!
En effet, n'oubliez pas que vous avez fait une recherche en mode 'any codon', donc que votre ORFB3 a été étendu de façon arbitraire jusqu'au STOP
en amont, et donc que le codon d'initiation réel sera certainement plus loin que 666, peut-être même au delà de 700 (qui est la fin de l'ORF précédent).

Ce sera plus clair avec un schéma :)

Bonne journée!

Merci à tous. Merci Monsieur. Vos réponses nous ont bien aidés. 

Bonne fin de vacances !