Voila maintenant 1h que j'essaye d'obtenir un BLASTp contre nr avec 250 séquences avec NCBI pour obtenir
un taxonomy report plus grand pour arriver à mieux identifier mon groupe extérieur.

J'ai été corrigé 1 fois et il m'a été suggéré de refaire un BLAST avec plus de séquence, pour obtenir peut-être
un meilleur groupe extérieur, pour pouvoir refaire un arbre.
Mais sans le BLAST contre NCBI, pas de taxonomy report, donc pas d'allignement multiple, donc pas d'arbre

Comment je peux faire!!!!

Merci

L'informatique et les réseaux ont leurs aléas, nous n'y  pouvons rien.
Attendez demain si c'est possible pour voir si le blast du NCBI fonctionne.
Ceci dit vous pouvez très bien travailler sans le taxonomy reprot du NCBI. Faite un blast à l'EBI par exemple en demandant beaucoup de séquences et faites votre sélection des séquences sur la base de la sortie blast. Cela demandera plus de temps et plus d'efforts (car vous devrez examiner la sortie blast en détail, en cliquant sur les fiches, en lisant toutes les informations...). C'est plus long, mais c'est tout à fait possible humainement parlant.
Le taxonomy report est une aide précieuse, mais on peut très bien s'en sortir sans. D'ailleurs les promos précédentes n'avais pas cet outil à leur disposition.

Céline Brochier