Bonjour,

Nous avons des problèmes pour définir la e-value seuil du Blastp vs NR de notre première séquence GOS_4823030.
En effet, selon votre correction notre e-value se situerait à e-10. Cependant, d'après nous, l'e-value seuil correspond à 1e-12. Est-ce une erreur de justification de notre part ou bien la e value est-elle bien à e-10 ?

Par ailleurs, si en cherchant à quoi correspond les fonctions protéiques de nos séquences potentiellement homologues obtenus par Blast nous retrouvons un de nos numéro IPR d’intérêt, la fonction est-elle considérée comme homologue? (Un de nos numéro IPR correspond au domaine protéine et le second à la famille protéique (dans laquelle le domaine est inclu))

Votre correction :

- "Nous avons alors choisi de fixer notre valeur seuil à 1e-12. En effet, à partir de ce seuil, les fonctions des protéines sont très différentes de notre séquence requête. Par exemple « Inner membrane protein YbiR » " ==> à partir de ce seuil, les fonctions des protéines" : attention ce n'est pas vrai, je ne vois qu'une seq "Inner membrane protein YbiR » ", apres vous retrouvez la fonction ==> d'apres votre tableau, et d'apres votre resultat de blast : « Inner membrane protein YbiR » à evalue 1e-10 ! donc le seuil n'est pas à e-12, mais e-10 : à modifier ==> manque le lien entre els fonctions homologues du tableau

Notre reflexion:

• L-fuco-beta-pyranose dehydrogenase | 1e-12 | 9e-11 |       -----> OK appartient à la même famille
| • Aad14p | 1e-12 | 1e-10 |                                 -----> OK appartient à la même famille
| • NAD(P)H-dependent xylose reductase | 2e-12 | 1e-10 |     ----> OK appartient à la même famille
| • 2-carboxybenzaldehyde reductase | 5e-12 | 1e-10 |        ----> OK appartient à la même famille
| • kob1 | 6e-12 | 6e-12 |                                  -----> Proté d'élongation _ aucun rapport avec notre f°
| • PREDICTED: perakine reductase-like | 1e-11 | 1e-10 |       ??????????????
| • KCNAB2 | 2e-11 | 2e-10 |                             ---->  OK : Canal potassique voltage dépendant
|• Inner membrane protein YbiR | 1e-10 | 1e-10 |        ------> Protéine de transport_ aucun rapport avec notre f°


Merci d'avance.

LaurieNoemie

Bonjour,

ça doit être dû à une erreur de justification alors, effectivement.
Car lorsque vous me dites :
"choisi de fixer notre valeur seuil à 1e-12. à partir de ce seuil, les fonctions des protéines sont très différentes; Par exemple « Inner membrane protein YbiR »"
==> j'ai vérifié où se trouvait YbiR dans votre tableau, d'où ma remarque :
« Inner membrane protein YbiR » à evalue 1e-10; seuil n'est pas à e-12, mais e-10"
==> il faut effectivement parler de la première séq qui présente une fonction différente, car c'est celle-ci qui vous permet de fixer le seuil, d'où ma remarque.

Alors,
- "Inner membrane protein YbiR 1e-10" => OK, fonction différente
- donc "KCNAB2  2e-11 - 2e-10 " : Canal potassique voltage dépendant => donc fonction différente aussi
- kob1  6e-12 - 6e-12 " Proté d'élongation _ aucun rapport avec notre f° => vérifier que dans cette séq vous n'avez pas un domaine (reductase ou deshydrogenase) correspondant à un de vos résultats interpro, donc Un de vos numéro IPR , effectivement) : si c'est le cas, ca explique l'alignement, si ce n'est pas le cas, ca correspond effectivement à votre seuil, car fonction manifestement différente.
==> c'est donc cette séquence, qu'il faudra citer en 1er lieu pour indiquer un changement de fonction.

Bon travail
BW