IrigarayA
13 Apr 2015 19:10
Contribution non évaluée |
Bonsoir,
J'ai un petit souci concernant le Blast. En effet, lorsque j'ai refait le Blast, je n'obtiens pas le même Blast que celui obtenu pour la première correction. Cela signifie t-il que les banques de données ont été mises à jour et que je dois recommencer tous mes tableaux depuis le début ?
Je vous souhaite une bonne soirée.
Cordialement,
Anaïs Irigaray |
IrigarayA
20 Apr 2015 20:26
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Excusez moi de vous déranger,
J'ai un petit souci concernant le Blast. En effet, lorsque j'ai refait le Blast, je n'obtiens pas le même Blast que celui obtenu pour la première correction. Cela signifie t-il que les banques de données ont été mises à jour et que je dois recommencer tous mes tableaux depuis le début ?
Ou puis-je seulement noter que je ne peux pas prendre un type de séquence que vous me préconisiez dans la correction car elle n'apparait plus dans le rapport taxonomique et puis je la remplacer par une autre séquence ?
Je vous remercie de votre réponse.
Cordialement,
Anaïs Irigaray |
B_Wirth15
21 Apr 2015 8:50
Maître de jeu |
Bonjour Anaïs,
>Cela signifie t-il que les banques de données ont été mises à jour
==> Oui, très probablement. De nouvelles séquences sont déposées tous les jours, et les banques sont donc mises à jour très régulièrement.
>et que je dois recommencer tous mes tableaux depuis le début ?
==> NON, conservez votre ancien blast, et donc vos tableaux.
>Ou puis-je seulement noter que je ne peux pas prendre un type de séquence que vous me préconisiez dans la correction car elle n'apparait plus dans le rapport taxonomique et puis je la remplacer par une autre séquence ?
==> En partant de votre ancien résultat de blast, si vous faites retourner le TaxReport, ces séquences n'apparaissent plus non plus ?
==> Là aussi, ça peut être lié à la mise à jour de la banque rapatriée en local, et qui est interrogée par l'outil TaxReport. Dans ce cas, effectivement, indiquez-moi qu'en faisant retourner le TaxReport, vous ne retrouvez plus ces séq, et que vous ne pouvez donc pas les utiliser.
==> j'ai fait la manip, j'ai fait retourner votre taxreport : Effectivement, la séq de Bactéroidete score 200 n'apparaît plus. Pas besoin de prendre de Bactéroidete, vous prendrez UNE séq d'un autre groupe taxo bactérien à la place.
==> Par contre, on trouve toujours la séq d'actinobactérie score 176 : prenez 2 seq actino- (avec le score le plus elevé (probablement HGT) + une autre)
==> + une séq de plusieurs autres groupes taxonomiques bactériens
Bon travail
BW
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