Bonsoir,

nous sommes désolées de vous déranger en ce jour, mais nous nous posions une question : dans notre tableau du rapport taxonomique nous avons des e-values assez élevées (e-64 à e-10 avec 511 résultats et e-63 à e-13 avec 3 résultats) avec beaucoup de nombres de résultats trouvés pour le phylum des actinobacteria mais nous avons aussi pour les alphaproteobacteria des résultats trouvés assez significatifs (e-67  - e-10 pour 21 résultats, e-63 - e-51 pour 229 résultats, 2e-59 - 2e-10 pour 46 résultats trouvés). D'après nous, les alphaproteobacteria constitueraient notre groupe d'étude, mais nous aimerions en être sûres. De plus, la question que nous nous posons surtout c'est de savoir quel serait notre groupe extérieur. En effet, nous hésitons entre Gammaproteobacteria + Deltaproteobacteria + Epsilonproteobacteria + Betaproteobacteria et Deltaproteobacteria + Epsilonproteobacteria seulement.

Merci d'avance pour votre réponse, passez une bonne fin de soirée,

Cordialement CALFATI Noémie et ASKENATZIS Laurie.

Bonjour,

"e-values assez élevées" ==> attention evalues faibles
"(e-64 à e-10 avec 511 résultats et e-63 à e-13 avec 3 résultats) avec beaucoup de nombres de résultats trouvés pour le phylum des actinobacteria"
==> sur les nbx résultats trouvés pour les actinobacteria, il y en a peu avec des evalues aux alentours de e-60 e-50
==> ensuite vous avez des e-values tout à fait similaires pour les alpha-
==> mais surtout vous avez qq evalues très faibles pour les gamma- (entre e-121 et e-110): même si ces séquences sont annotées hypothetical protein, ces séq sont les plus similaires, et donc les plus proches de votre protéine putative.

Donc, vu que vous avez des evalues plus faibles chez les gamma-, les alpha- seuls ne peuvent pas constituer votre groupe d'étude.
Dans votre cas, il faudrait faire 2 phylogénies :
- une phylogénie large, groupe d'étude ensemble des protéo- (vous pouvez surreprésenter un peu les gamma- (au moins 3-4 gamma- avec evalue très faible + 2-3 autres) et les alpha- / aux autres protéo-)
==> quel serait alors le groupe externe à choisir ?
==> dans le groupe externe vous pourrez un peu surreprésenter les actino- à cause de leur evalue (attention, il ne doit pas y avoir que des actino- dans le groupe externe)

- puis si cette 1ere phylogénie permet de rapprocher votre seq des gamma-, il faudrait une phylogénie resserrée sur les gamma- (groupe d'étude gamma-) => quel serait alors le groupe externe à choisir ?

Cordialement,
BW

Bonjour,

Nous avons des soucis pour définir notre groupe d'étude et notre groupe extérieur. En effet les e-values de tous les groupes monophylétiques se recoupent même entre les différents groupes de bactéries et les eucaryotes/archées on retrouve des chevauchements de e-value importants.
Nous avons tout d'abord essayé de prendre les alphaprotéobactéries comme groupe d'étude, mais lors de la correction vous nous avez fait comprendre que cela n'était pas forcément correcte. De ce fait, aujourd'hui, nous avons demandé aux personnes présentes pour nous aider sur quel groupe d'étude choisir. Cependant vu les scores élevé obtenus pour tous les groupes nous pensons qu'il faudrait prendre tous le monde comme groupe d'étude et ne pas définir de groupe extérieur.

Que devons-nous faire?

Cordialement

Charlène Bruet et Coline Lamy

Bonjour,

je pense que vous n'avez pas lu la correction jusqu'au bout, et que vous vous êtes affolées trop tôt, car je vous donne toutes les consignes je crois.
cf "==> voir consignes pour une nouvelle phylogénie ds le paragraphe phylogénie"

N'hésitez pas si vous avez d'autres questions : mais recréez à chaque fois un nouveau post, comme ça j'ai directement le N° de votre séq (cf en haut du post).

BW