Bonjour,

Il nous a été demandé dans la correction de faire une discussion sur le sous-groupe auquel pourrait appartenir notre ORF, or dans notre arbre il apparait clairement que le plus proche homologue de notre ORF est l'alphaprotéobactérie 1 appartenant au sous-groupe des ricketsiales, or, les autres séquences appartenant à ce sous-groupe sont éloignées ... Nous ne savons donc pas comment pouvoir interpréter cette observation. Nous avons pensé à émettre l'hypothèse que l'ORF et son plus proche homologue (alpha-protéo 1) auraient un ancêtre commun qui aurait subi un transfert horizontal donnant ce que l'on peut observer dans l'arbre (ORF et son plus proche homologue séparés des autres ricketsiales). Mais nous ne savons pas si notre raisonnement est cohérent.

Grace à votre annotation détaillée (jusqu'aux ordres au sein des alphaprotéobactéries) de l'arbre phylogénétique, il semble en effet délicat de tenter une assignation taxonomique plus précise qu'alphaprotéo à l'ORF inconnue puisque l'ORF semble proche d'une unique Rickettsie perdue dans une branche dominée par d'autres ordres (Rhodobacterales etc). Il peut s'agir d'une HGT bien sûr, ou même d'une duplication même si la deuxième explication est actuellement moins évidente vu la topologie de l'arbre (pour le savoir il aurait peut-être fallu inclure plus de gènes de  Rickettsiales, voire de compter le nombre de paralogues dans un génome entièrement séquencé de Rickettsie).

Dans tous les cas il fallait clairement tenter cette assignation plus précise en focalisant l'arbre autour des alphapro, ce que vous avez fait, mais l'histoire évolutive de ce gène semble trop complexe et mal résolue (avec cet arbre en tout cas) pour s'avancer plus que "alphapro"?...

Oui, il fallait tester ce deuxième arbre pour voir si vous pouviez faire une assignation taxo plus précise. Si ce deuxième arbre ne permet pas de faire cette assignation taxo plus précise, ce n'est pas grave, mais vous avez la réponse à la question : vous ne pouvez pas être plus précis que alpha-.
BW

Nous vous remercions pour vos réponses.

Bonne soirée à vous et bonnes fêtes !