Bonjour Monsieur,
Nous postons un message à votre attention en vous demandant si vous pouviez éclaircir certaines des remarques que vous nous avez laissé.

Concernant la recherche d'ORF vous nous avez laissé comme commentaire :
"'Pour l'ORF 2 la meilleure E value est de 2,4' Est-ce vraiment la meilleure? " Nous ne comprenons pas ce que vous attendez de nous. Faut-il que nous prouvions cette valeur en ajoutant les BLASTp contre NR que nous avons fait lors de la recherches d'homologues pour cette ORF ? Nous ne les avions pas mis car on nous a reproché d'avoir mis tout les BLASTp lors de l'annotation de notre première séquence. C'est pourquoi nous ne les avons pas mis ici. Alors, il est vrai que nous amenons pas la preuve de ce que nous avançons ici. C'est pourquoi nous voulions vous demandez si c'est cette preuve qui vous manque ?

Ensuite dans la rubrique Rapport taxonomique, vous avez commencez une remarque sans la finir. Je cite :
"TAXONOMIE

'Le différentiel entre ces deux E value étant significatif ("
Nous aimerions savoir si c'est normal ou si c'est un oubli de votre part? Et si c'est le cas, pouvons nous avoir la remarque en entier afin de corriger au mieux notre annotation ?

Il y a une dernière remarque que nous ne comprenons pas, dans la rubrique Arbre. En effet, vous nous avez mis comme remarque "générique" : " Phylogénie/Analyse: Pas d'analyse sur la congruence ou non entre les différentes versions des arbres?"
Pourtant nous avons justement fait un paragraphe à la fin de l'analyse qui compare nos deux arbres et nous avons essayer de mettre en commun les informations apportées par les deux arbres. C'est pourquoi nous ne comprenons pas cette remarque : est ce que notre analyse est mauvaise ou pas assez poussez ? Ou est ce le fait qu'on n'utilise pas exactement la notion de congruence dans notre analyse ?

Ce sont la les quelques analyses que nous avons du mal à comprendre. Désolé de vous solliciter, et merci d'avance de prendre le temps de jeter un oeil.

Merci a vous
Cordialement

Bonsoir, ne soyez pas 'désolés' de me solliciter! Nous sommes là pour vous aider, dans la mesure du possible.. Remarque 1: 'Nous ne comprenons pas ce que vous attendez de nous.' Je n'attends 'rien' de vous. J'essaye juste de vous aider à comprendre ce que vous faites et par conséquent avoir une bonne note. C'est différent. 'Faut-il que nous prouvions cette valeur en ajoutant les BLASTp contre NR que nous avons fait lors de la recherches d'homologues pour cette ORF ?' -> Non. Sauf que dans votre tableau vous indiquez 6 hits <1E-10 et vous dites que la meilleure e-value est 2.4... Ce n'est pas logique! ''Le différentiel entre ces deux E value étant significatif (" -> J'ai manifestement oublié de finir ma phrase et je ne sais plus ce que je voulais dire. Oubliez! '"générique" : " Phylogénie/Analyse: Pas d'analyse sur la congruence ou non entre les différentes versions des arbres?"' -> Si vous parlez de ce paragraphe, 'Nos deux arbres représentent la même histoire évolutive. La meilleure parcimonie possible et les distances évolutives concordent dans notre cas de figure. On peut donc effectuer une hypothèse taxonomique assez solide. Au vu des deux arbres, nous pouvons prédire que cette séquence appartient au groupe des Methanomicrobias. Nous ne pouvons pas pousser notre recherche taxonomique plus loin en essayant d'identifier à quel sous groupe elle appartient car nous ne possédons pas assez d'homologues dans les différents sous groupes des Methanomicrobias.' effectivement vous comparez vos arbres mais vous pourriez décrire plus en détails la concordance entre les noeuds etc... D'où le 'générique'. Bon courage!

Merci pour vos précisions ! Et merci d'avoir répondu aussi rapidement.
Nous allons faire au mieux pour completer l'annotation.

Merci a vous, bonne soirée !