Bonsoir,

Nous rencontrons des difficultés pour définir notre groupe d'étude. En effet, nous retrouvons des séquences présentant les meilleures e-values dans plusieurs groupes de bactéries. Or, nous n'avons pas suffisamment de séquences appartenant aux archae ou aux eucaryotes pour constituer un groupe extérieur.
Nous avons qu'en même décidé de prendre les protéobactéries en groupe d'étude et l'ensemble des autres bactéries en groupe extérieur pour les raisons que nous avons énoncé dans l'analyse des résultats mais nous ne sommes vraiment pas sûres de nous.

Merci

En réalité le différentiel de qualité des alignements BLAST entre les protéobactéries (meilleur score 676, E-value "0.0") et les autre bactéries (meilleur score 349, E-value  3e-112) est gigantesque! Donc absolument aucun soucis pour enraciner les protéobact sur le groupe extérieur des autres bactéries. En fait le problème ici est de se focaliser seulement sur les E-value, car le score étant si élevé, le E-value est arrondi à zéro rendant la comparaison entre "0.0" et "3e-112" impossible. Souvent je constate qu'on est alors tenté de se rabattre sur le premier E-value non nul dans le groupe taxonomique concerné: ici 2e-125 pour les protéobact ce qui en effet ne sembla alors plus aussi significatif comme différentiel comparé au 3e-112 des autres bactéries non protéobact...

En regardant de plus près votre rapport taxonomique, je pense même que choisir la meilleure sous branche des protéobact (Gammaproteobacteria, meilleur score 676) comme groupe d'étude est jouable, au vu des scores dans le groupe extérieur alors constitué des Betaproteobacteria (meilleur score 258)?

Nous vous remercions pour votre réponse. Nous allons essayer de faire comme vous nous avez conseillé. En effet, nous avons fait l'arbre en prenant les protéobactéries comme groupe d'étude et les autres bactéries comme groupe extérieur et il est assez compliqué à expliquer! Ce sera certainement plus pertinent de restreindre notre étude aux gammaprotéobactéries et aux betaprotéobactéries... Bonne fin de journée!