Bonjour,
cette fois ci c'est un petit problème avec l'arbre phylogénétique. Nous obtenons un arbre avec un aspect étrange, certaines branches ne sont pas dessinées, il y a des points rouges à la place et les noms des séquences ne sont pas du tout détaillées... ce sont des changements simplement dus au fait que ce soit un site miroir de phylogeny.fr ou bien y a t'il un problème avec le nom de nos séquences ?
merci d'avance

Bonjour,
Pouvez-vous donner le lien vers votre résultat PhyML (directement sur le site mirroir de phylogeny.fr)?

ben en fait non parce qu'on nous a demandé de quitter la salle avant que nous ayons pu l'enregistrer... nous allons essayer de le refaire si la description ne vous dis rien c'est que nous nous sommes trompée quelque part

http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=97d88ba9548bd0bdfd7df8be425e4502&tab_index=5.2
voici le lien de l'arbre. En rétrécissant les noms des séquences l'arbre est nettement mieux mais il reste les point rouges. Est-ce une sorte de "collapse branches " ?

http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=97d88ba9548bd0bdfd7df8be425e4502&tab_index=5.2\r\nvoici le lien de l\'arbre. En rétrécissant les noms des séquences l\'arbre est nettement mieux mais il reste les point rouges. Est-ce une sorte de \"collapse branches \" ?

pardon pour le message doublé...
nous avons 36 acides aminé marqués de "#" dans Gblocks, c'est mieux de recommencer avec "allow smaller final blocks" ou c'est tout de même suffisant ?

Ok, je pense comprendre: les branches non dessinées, avec des "points rouges", sont tout simplement des branches si courtes qu'on ne peut les dessiner, et le "point rouge" est je pense un "zéro" en rouge qui indique que le noeud séparant les branches ultra courtes est très peu robuste (redessinez l'arbre en plus grand en changeant "Image size" en "Extra large"). Il se peut que vous ayez inclu dans votre alignement multiple des séquences protéiques identiques (ou quasi identiques), auquel cas la longueur des branches devient nulle (car aucune mutations) et les valeurs de support aux noeuds sont aussi nulles car absolument rien ne permet de dire dans quel ordre ont eu lieu les spéciations/duplications... L'arbre guide en sortie de MUSCLE (attention, pas un arbre phylogénétique, mais une mesure des similarités de séquences 2 à 2) suggère en effet que plusieurs séquences de prochlorococcus (N° 5-8) sont très similaires! Et vos deux chrocosphaera semblent identiques d'après cette arbre guide (en bas de http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=97d88ba9548bd0bdfd7df8be425e4502&tab_index=2.2 ).

Enfin seulement 36 acides aminés réputés bien conservés selon Gblocks, c'est très très peu! Tentez en effet en modifiant les paramètres de Gblocks pour le rendre moins stringent.

devons nous alors recommencer à partir de la séléction de séquences ?
Si nous retrouvons un arbre du même type, les conclusions seront-elles possibles à faire ?
merci pour vos réponses

Inclure des séquences identiques (ou quasi identiques) provenant du même groupe taxonomique ne sert à rien, il est préférable d'inclure des séquences plus diversifiées qui représentent mieux la diversité des groupes retenus. Sinon l'arbre semble dans son état actuel plutôt prometteur?

http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=b0edc99e2098cf8ee2fa1a35973adb3b&tab_index=5.2

celui-ci est-il un peu mieux ? malheureusement 2 noeuds restent à 0, dont un d'où part notre ORF.. est-ce grave ?

Avant de discuter de l'arbre, je constate que votre alignement multiple contient un homologue doublement tronqué (en N-ter et en C-ter)! Il faut absolument retirer cet homologue car il réduit par sa seule présence le nombre de positions retenues par Gblocks à 62:
http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=b0edc99e2098cf8ee2fa1a35973adb3b&tab_index=3.2

En retirant cette séquence visiblement partielle qui gâche en grande partie un alignement qui par ailleurs semble assez convainquant, il est très probable que votre arbre soit largement modifié (en mieux peut-on espérer)!

nous en profitons pour vous demander aussi : Comment télécharger l'arbre final de phyml en format text après reroot ?
nous ne trouvons pas "download text format"...

effectivement en enlevant cette séquence, le nombre d'acides aminés marqués dans Gblocks est passé à 229 avec les réglages pour diminuer la stringence

Le miroir de Montpellier ne bénéficie pas de cette option permettant de télécharger l'arbre final de phyml en format text (c'est une option spécifique à la version marseillaise). En attendant le remise sur pied de cette version marseillaise, vous pouvez vous référer à mon 2ème message du 30 Sep 2014 14:46 où je propose un outil pour reraciner vos arbres en format texte:
-Reraciner un arbre au format Newick http://annotathon.org/outils/reroot2.php