Bonjour,
Dans notre rapport taxonomique nous avons plusieurs fonctions, presque chaque organisme d'une espèce présente une e-value très élévée ( 1e-120/130) pour notre fonction putative et une e-value beaucoup plus faible (1e-30) pour une fonction légèrement différente de la notre.
Ainsi ces deux protéines doivent être homologues même si elles ne présentent pas les mêmes fonctions.
Mais comment fait-on pour choisir les séquences pour les alignements multiples sur TAX REPORT ? Doit-on se concentrer sur une seule fonction ou essayer de représenter la deuxième aussi ?

Cordialement,
Caiane

Le critère de sélection des homologues est clairement de représenter au mieux la diversité phylogénétique des groupes d'étude et extérieurs. Votre observation est intéressante (deux classes d'homologues dans chaque clade, un distant et un plus proche) et il peut être utile d'inclure des représentant des deux classes dans votre arbre, ceci dans la mesure où l'introduction des homologues plus distants de ruine pas trop votre alignement multiple! En effet, à 1e-30 pour les distants contre 1e-130 pour les proches, il est fort possible que l'alignement multiple global soit très affecté (surveillez le nombre de positions retenues apr Gblocks avec attention). S'il reste un nombre raisonnable d'acides aminés après curation par Gblocks (largement plus de 100 AA) alors vous pourriez tenter l'étude des deux classes dans un même arbre (il est alors possible que cet arbre fasse resortir une duplication ancienne de ce gène). Si l'alignement multiple global des deux classes n'est pas solide (peu d'AA conservés d'après Gblocks), alors centrez votre analyses sur la classe d'homologues la plus proche seulement. Dans ce cas l'arbre ne renseignera que sur l'origine taxonomique de la séquence métagénomique, et pas de quel paralogue précis elle semble descendre.