Bonjour,
Notre séquence appartient a un groupe de virus (phage) qui a transmis ce gène à des bactéries. Nous nous demandons s'il faut choisir les virus comme groupe d'étude et les bactéries concernées comme groupe extérieur?

Comment savez-vous que votre séquence a été transférée du phage vers les bactéries?

Toutefois, si tel est effectivement le cas, alors les séquences provenant des génomes de bactéries sont en réalité des gènes viraux transférés par HGT aux bactéries; les gènes bactériens ne sont donc pas du tout un groupe extérieur adéquat! Le groupe extérieur doit être constitué de séquences dont le dernier ancêtre commun avec votre groupe d'étude est [b]plus ancien[/b] que le dernier ancêtre commun de votre groupe d'étude (=pour enraciner l'arbre), ce qui n'est absolument pas le cas en cas de HGT...

Dans le cas des virus, ce choix peut être extrêmement compliqué, sauf si vous arrivez par exemple à choisir un sous groupe de virus comme groupe d'étude (par exemple les Iridoviridae::Chloriridovirus), et une branche virale soeur comme groupe extérieur (par ex les autres Iridoviridae tels que les Iridoviridae::Iridovirus et Iridoviridae::Lymphocystivirus).

Le dernier recours est de construire un arbre non raciné (si aucun groupe extérieur ne peut être raisonnablement choisi), mais alors cet arbre peut être très délicat à analyser.

Par contre en jetant un oeil à vos annotations pour cette séquence TO25S_4659030, je ne vois strictement aucune mention de virus dans le tableau de synthèse du "Rapport taxonomique"?...