Bonjour,
Voici l'arbre que nous obtenons :
http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/get_result.cgi?task_id=2fa452c2028181948552186c35a1f758&results_in_list=50&raw=1&file=phylo_tree.png

Nous avons choisi comme groupe d'étude les "océano" et comme groupe extérieur tout les autres.
Notre ORF se retrouve au plus proche d'une océano jusqu'ici ça colle avec nos recherches de similarité de séquence, le problème c'est qu'il se retrouve avec cette océano à l'intérieur de notre groupe exterieur ce qui signifirai qu'ils ont plus de similarité avec les séquences du groupe exterieur plutot qu'avec les autres espèces de leur groupe.
De plus nous savons que notre protéine fait probablement partie d'une classe d'enzyme appelé pseudouridine synthase qui catalysent l'incorporation de la pseudouridine dans l'ARN. La notre est retrouvé dans la grosse sous unité du ribosome. Cette protéine est donc surement courante dans beaucoup d'éspèces. Peut être est-ce la raison pour laquelle nous avons ce problème de classement. Merci de votre attention.

Bonsoir,

Tout d'abord c'est atypique cette ORF qui n'a d'homologues que chez les gammaprotéo, et ce serait plutôt en contradiction avec votre remarque sur l'universalité  de la fonction? J'ai refait le tax report, et j'ai remarqué qu'il semble tronqué (pas impossible que l'outil TaxReport ne soit pas capable d'aller jusqu'au bout avec 5000 hits blast...), donc possible qu'il manque des homologues plus distants qui ne seraient peut-être plus des gammaprotéo. J'ai fait le test en ne soumettant que les dernières centaines de hits BLAST, et en effet on trouve des Firmicutes, des Bacteroidetes etc. ce qui aurait peut-être pu modifier vos choix de grouep d'étude. Mais s'agissant d'une limitation dans l'outil taxreport qui n'est pas de votre responsabilité, on en restera à cette version (incomplète) du taxreport pour cette première séquence à soumettre ce soir... Je tenterais de voir si je peux modifier le taxreport à temps pour les annotations suivantes.

Ensuite comme l'alignement semble en effet convaincant et pas trop court (il y en a plusieurs dans votre fiche, pas facile de s'y retrouver), et que les valeurs de support aux noeuds de votre arbre sont correctes (pour les noeuds importants), alors en effet il semble y avoir des incohérences entre cet arbre et la phylogénie de référence. Puisqu'il n'y semble pas y avoir de raisons de douter de l'arbre, il faut décrire ces incohérences et si possible citer des possibles explications (HGT? duplication?).