Bonjour! Nous avons un problème avec notre alignement multiple... Il paraît évident que le groupe d'étude que nous devons choisir est le groupe des cyanobactéries, en revanche pour le groupe extérieur nous avons des difficultés. Nous ne pouvons pas prendre uniquement les Firmicutes qui ne contiennent qu'un homologue avec une e-value significative, nous avons donc choisi d'essayer avec toutes les bactéries mais l'alignement n'est vraiment pas satisfaisant... Le groupe des cyano est composé de plusieurs sous groupes, nous en avons donc choisi un en groupe d'étude et les autres en groupe extérieur, et cette fois le problème se situe au niveau de l'arbre où l'on voit que les deux groupes ne peuvent pas être distingués l'un de l'autre... Que devons-nous faire? changer une nouvelle fois de groupe extérieur ou garder l'arbre tel qu'il est?
Merci d'avance

Bonjour, En effet le choix du groupe d'étude (cyanobactéries) est un des choix acceptables. Attention toutefois, car si on consulte l'arbre de la vie de référence, le groupe extérieur qui en découle directement (cf la FAQ) est constitué de [b]toutes les autres bactéries[/b], certainement pas les seules Firmicutes (votre "premier choix"). Votre "second" choix (toutes les autres bactéries) est donc votre seule option possible dans ce cas de figure du groupe d'étude = "cyanobactéries". Si l'alignement obtenu n'est pas satisfaisant (mais il n'y a aucun alignment multiple dans votre fiche), peut-être est-ce parce que vous avez sélectionné des séquences trop éloignées (mais aucune liste de séquences n'est visible dans votre rubrique "Rapport taxonomique"? Dans ce cas éliminer progressivement les séquences qui semblent ruiner l'alignement multiple. Votre alternative de choisir les Prochlorales (je suppose) comme groupe d'étude, et les autres cyanobactéries comme groupe extérieur peut aussi se justifier au vu du différentiel de E-value de plus de 20 logs entre les Prochlorales (min E-value 0, soit < 1e-180) etles autres cyanobactéries (>= 9e-162). La topologie de l'arbre présenté dans votre fiche TO78D_4678010.84 est assez étrange (au lieu d'un arbre c'est plus un gazon où toutes les "branches" sont ultra courtes). Je serais curieux de voir l'alignement multiple qui sous tend cet arbre... D'ailleurs même si vous êtes bien sûr juste au stade de brouillon, il faut [b]toujours présenter tous les résultats intermédiaires[/b] (notamment l'alignement multiple, la liste des séquences sélectionnées etc!) car il est impossible de juger des résultats sans ces infos.